根據上述職責，省交通運輸廳設13個內設機構：
（壹）辦公室（與機關黨委辦公室合署）
負責文電、會務、機要等機關日常工作；承擔信息、保密、信訪、政務公開、對外宣傳等工作；負責機關和指導直屬單位的黨群、思想政治工作。
（二）政策法規處
指導交通行業體制改革、結構調整等工作；起草有關地方性法規、規章草案和政策措施並監督實施；承擔機關有關規範性文件的合法性審核工作；承辦有關行政復議、行政應訴工作；指導本系統依法行政和普法教育工作。
（三）綜合規劃處
組織編制綜合交通運輸體系規劃及公路、水路、港口、航道、地方鐵路等發展戰略、專項規劃，承擔有關協調工作；參與擬訂物流業發展戰略和規劃，提出相關政策和標準；承擔交通基礎設施建設項目前期工作、後期評價工作及有關規劃、收費公路立項的審核工作；提出中央與地方聯合投資、省有關專項資金和相關收費公路項目還貸資金安排建議；參與公路、水路有關交通戰備工作和救災等綜合管理工作；承擔公路、水路交通行業利用外資工作及對外交流與合作工作。
（四）綜合運輸處
承擔道路運輸市場監管及指導城市公***客運的相關工作；組織實施重點物資和緊急客貨公路運輸；負責省際和省內跨市旅客運輸管理以及汽車出入境運輸管理；按規定承擔物流市場有關管理工作；組織協調道路、水路、地方鐵路等多種運輸方式的銜接工作；協調中央垂直管理的海事、民航、郵政及鐵路等管理機構的涉地相關工作。
（五）基建管理處
承擔公路、水路建設市場的監督管理；承擔交通基本建設工程質量、造價監督、工程定額管理工作；承擔省管建設項目設計、施工許可審查審批和部管項目施工許可審批初審工作；組織國家、省重點交通建設項目的竣工驗收；指導公路養護和農村公路建設、管理工作。
（六）地方鐵路處
擬訂地方鐵路建設規劃及年度計劃；組織編制地方鐵路的管理規程和技術規範，承擔協調地方鐵路之間和地方鐵路與國家鐵路交接站或換裝站接軌事宜；負責地方鐵路工程建設市場的監督管理，承擔工程質量監督和造價監管工作；擬訂地方鐵路建設投融資辦法。
（七）收費管理處
會同有關部門擬訂公路、水路有關規費政策並監督實施；承擔收費公路管理及收費站設置、車輛通行費標準以及收費公路權益轉讓的相關審核工作；協助做好收費公路立項、收費年限的審核及公路收費權質押貸款登記工作；推進收費公路聯網收費；承擔政府還貸公路“收支兩條線”管理及收費公路收費還貸、經營管理行為的監督管理工作；承擔清理整頓收費站的相關工作。
（八）安全監督處（應急辦公室）
組織擬訂交通行業安全生產管理規章制度並監督檢查執行情況；指導交通行業安全生產的管理工作，監督落實安全生產責任制；組織、指導交通行業安全生產和應急管理的宣傳教育工作；按規定組織或參與交通行業安全生產事故的調查處理工作；承擔交通行業安全生產事故統計上報工作；負責機關及指導直屬單位的安全、保衛工作。
（九）財務審計處
組織編制部門預、決算；承擔交通經費、外匯、信貸等有關工作，會同有關部門管理交通運輸專項資金；負責廳管交通資金的撥付及使用監督；負責廳預算缺口的融資管理、撥付及監督使用；負責機關及直屬單位的國有資產管理和內部審計工作；辦理公路收費權質押貸款登記。
（十）科技處
擬訂交通行業科技、教育、信息化發展規劃、計劃和措施並指導實施；組織重大交通科技項目攻關；配合有關部門加強公路、水路交通無線電管理；指導交通行業環境保護和節能減排工作。
（十壹）人事處（與離退休人員服務處合署）
負責機關和指導直屬單位的人事管理、機構編制和勞動工資等工作；按規定管理直屬單位領導幹部；負責機關和指導直屬單位離退休人員服務工作。
（十二）交通運輸綜合執法局
指導、監督全省交通行政執法工作，承擔本廳的監督檢查、行政處罰和行政強制工作；組織查處重大違法案件，協調跨區域的交通執法工作。
（十三）港航管理局
參與擬訂水運和港口發展戰略、方針政策和起草地方性法規、規章草案並監督實施；負責水路運政（水運執法除外）和港口行政管理；參與港口規劃及建設項目審核，負責對港口公用基礎設施的監督管理；負責水路運輸、水路運輸服務及船舶代理等輔助性業務的行業管理；負責港口及外輪理貨、引航等港口輔助業，港口及港航設施建設使用岸線布局的行業管理；協助管理水路運輸有關經費的統籌使用，協助組織征收和管理港口行政管理等相關規費；負責組織實施水路重點物資、軍事、防洪搶險、緊急客貨運輸。 廣東省公路管理局
工作職責： 副廳級事業單位，歸省交通廳管理。其主要任務是：
(壹)貫徹執行《中華人民***和國公路法》、《廣東省公路路政管理條例》、《廣東省高速公路管理條例》等法規，按照國家和省交通主管部門的有關規定，制訂具體的公路行業管理制度並組織實施。
(二)參與擬訂全省公路發展規劃；組織實施經國家和省批準的國道、省道計劃。
(三)按照分級分類管理的規定，負責公路建設、改造項目的審核工作；參與省管公路建設、改造項目的竣工驗收；具體組織實施國道、省道建設、改造、養護、管理；指導縣道、鄉道建設。
(四)負責國道、國道主幹線、省道的高速公路路政管理，查處違反路政法規行為；監督、指導全省公路路政管理工作。
(五)組織公路養路費等公路規費的征稽。
(六)負責省投資的非經營性收費公路的管理；負責全省收費公路(橋梁、隧道)及收費站(點)設置、調整、撤銷的審核工作；負責全省收費公路車輛通行費收費標準的初審工作；對全省公路收費站(點)實施行業管理。
(七)負責公路科技項目成果評審及推廣應用等工作，促進公路行業科技進步。
(八)指導公路行業精神文明建設；組織實施創建文明樣板路工作。
(九)承辦上級主管部門交辦的其他事項。
局機關內設11個副處級處（室），核定事業編制136名，其中黨委書記、局長各1名、副局長（含黨委副書記）5名、總工程師、紀委書記、工會主席各1名，正、副處長（主任）35名。
人員經費從征費的公路規費中安排，實行收支兩條線管理，由財政核撥。
廣東省航道局
工作職責： 副廳級事業單位，歸省交通廳管理。其主要任務是：
(壹)貫徹執行《中華人民***和國航道管理條例》、《中華人民***和國航道管理條例實施細則》、《廣東省航道管理條例》等法規以及國家、省有關規定和技術標準，擬訂具體管理規定並監督執行。
(二)制訂航道發展規劃，擬訂航道技術等級及航標質量技術指標，組織航道建設前期工作、建設計劃的實施，負責航道建設的管理。
(三)負責審批與通航有關的攔河、跨(過)河、臨河建築物的通航標準和技術要求，會同有關部門對通航河流進行綜合開發和治理，處理水資源綜合利用中與航道有關事宜；發布航道通告，實施與航道有關的水文管理。
(四)負責航道及航道設施的保護；制止偷盜、破壞航道設施和侵占、損壞航道行為；依照國家和省有關航道管理的法規規定，查處有關違法違規行為。
(五)負責航道養護費及航道部門管理船閘的船舶過閘費等規費的征收，並依照有關規定使用和管理。
(六)負責有關航道方面利用外資、對外合作與交流工作。
(七)組織開展航道科學研究、先進技術交流和航道科技進步工作，負責本系統職工的技術業務培訓工作。
(八)制訂本行業人才發展規劃，負責本系統的精神文明建設、職工隊伍建設；負責本系統二級單位領導班子和後備幹部的考核任免等管理工作。
(九)承辦省人民政府和上級主管部門交辦的其他事項。
局機關內設9個副處級處（室），核定事業編制86名。其中黨委書記、局長各1名，副局長3名，總工程師、總會計師、紀委書記、工會主席各1名，正副處長（主任）27名。
人員經費按國家和省的有關規定征收航道規費及省財政補助,實行收支兩條線管理（費改稅後由財政核拔）。
廣東省交通工程質量監督站
工作職責： 正處級事業單位。主要任務：負責交通工程質量安全監督；負責省管交通建設項目工程質量監督和交通工程質量監督工作的行業指導；實施交通工程質量檢測、監理機構資質認證和行業管理等。核定事業編制55名，其中站長1名，副站長3名；總工程師1名。人員經費從收取的工程質量監督費中解決，實行收支兩條線管理，由財政核撥。行政管理和後勤服務人員在核定的總編制內按不超過20%的比例配備。
廣東省交通征費管理中心
工作職責： 正處級事業單位，負責全省交通規費征收相關工作的組織實施，協助交通主管部門建立、推廣收費公路“不停車收費系統”，擬訂、實施相應的管理規範。核定事業編制17名，其中主任1名，副主任2名。人員經費從征管的規費收入中按規定安排，實行收支兩條線管理，由財政核撥。
廣東省交通工會委員會
工作職責： 正處級事業單位，事業編制5名。主要職能：領導省公路管理局、省航道局工會及全省所屬各市、縣基層工會；領導廳機關及廳直屬單位工會和省交通汽車運輸集團（總公司）及港、航集團（總公司）工會，指導市、縣交通工會；受省總工會委托，聯系省交通集團有限公司工會和省航運集團有限公司工會。
廣東省瓊州海峽輪渡運輸管理辦公室
工作職責： 正處級事業單位。主要任務：負責實施廣東、海南兩省政府以及兩省交通行政主管部門頒布的有關瓊州海峽運輸管理的行政規章、規範性文件；負責瓊州海峽輪渡運力投放的管理，受理本省水路運輸企業單位要求經營海峽輪渡運輸的申請，並簽署初步意見上報省交通行政主管部門審批；協調、處理港航之間從事瓊州輪渡運輸中的糾紛；組織、指導港航企業做好車船銜接、疏運工作，維護海峽運輸秩序；指導港航企業做好生產安全工作。核定事業編制18名，其中主任1名，副主任2名。人員經費從其收取的海安碼頭交通管理費中解決，實行收支兩條線管理，由財政核撥。
廣東省交通工程造價管理站
工作職責： 正處級事業單位。主要任務：負責省管交通基建工程項目的估算、概算、標底和結算的審核；負責省管交通基建工程項目造價的管理工作；負責交通基建工程施工定額的測定、搜集、整理和編制工作；提供交通基建工程造價咨詢服務等。核定事業編制35名，其中站長1名，副站長2名，總工程師1名。人員經費自籌。
廣東省交通運輸廳機關服務中心
工作職責： 正處級事業單位。主要任務：承擔廳機關的物業、物資設備、環境綠化、愛國衛生、房屋維修、公務用車、交通安全、通信、文印、水電、花工等輔助性、服務性工作。其中主任1名，副主任2名。人員***29名（其中人員經費由財政核撥13名，經費自籌16名）。
廣東省交通運輸檔案信息管理中心
工作職責： 正處級事業單位。主要任務：負責交通信息信系統和通信網絡的組織、協調工作；負責建設、推廣、維護交通部門辦公自動化系統；采集開發交通信息資源，提供交通發展信息分析；負責交通量調查；負責重要交通技術資料和文書檔案資料的管理；指導交通企事業單位檔案工作。核定事業編制30名，其中主任1名，副主任2名。人員經費由省財政廳從核給交通廳使用的交通規費中統籌解決。
廣東省交通運輸規劃研究中心
工作職責： 正處級事業單位。主要任務：承擔交通建設規劃、政策法規、協作運輸管理、駕駛員培訓管理、世行貸款管理等方面的技術性、事務性的具體工作；為交通系統及社會提供交通政策、管理、運輸技術方面的引導和咨詢服務。核定事業編制50名，其中主任1名，副主任3名，總工程師1名。人員經費自籌。
廣東省交通技工學校
工作職責： 原廣東省交通技工學校，正處級事業單位。主要任務：培養交通技能技術工種初級人才。核定事業編制200名，其中校長1名、副校長（含黨委副書記）2名、紀委書記1名、工會主席1名。人員經費由財政核撥。行政管理和後勤服務人員在核定的總編制內按不超過25%的比例配備。
廣東省交通醫院
工作職責： 副處級事業單位，在醫療體制改革前仍由省交通廳管理。主要任務：為交通職工和社會提供醫療、保健服務。核定事業編制140名，其中院長1名，副院長3名。人員經費由財政核撥。行政管理和後勤服務人員在核定的總編制內按不超過25%的比例配備。
廣東省瓊州海峽輪渡車輛運輸危險品檢測站
工作職責： 不定級別，委托廣東省瓊州海峽輪渡運輸管理辦公室管理，負責對瓊州海峽廣東至海南方向過海滾裝車輛進行安全檢測工作。核定事業編制35名，其中站長1名，副站長2名。人員經費從交通規費中解決。