根據財稅號文件關於納稅義務時間的規定。201636，納稅人預先提供建築勞務、租賃勞務的，其納稅義務發生在收到預付款的當天。也就是說，文件並沒有規定房地產企業采用預付款方式的，其納稅義務發生在收到預付款的當天。
當然，中華人民共和國國家稅務總局第18號(2016)規定，房地產企業收到預付款時，壹般納稅人采用預付款方式銷售自行開發的房地產項目，應在收到預付款時按照3%的稅率預繳增值稅。
要註意的是，納稅義務時間是指妳有納稅義務，需要申報納稅的時間；18號文件規定增值稅預繳，並不意味著企業有納稅義務。從法律上來說，就不壹樣了。(當然，從實用的角度來說，很多人認為是壹樣的。)從開具發票的角度來說，企業應該在該交稅的時候給客戶開具發票；但是預繳增值稅的時候，還不是交稅的時候，不應該給客戶開發票。
因此，從法律上講，房地產開發企業收到預付款時可以開具收據，不需要開具發票。但由於購房者在向相關單位辦理銀行和公積金按揭貸款、抵押登記、契稅繳納、住房補貼等業務時，都需要提供發票，在此背景下，房地產企業給客戶開具發票的方式也有所不同:
允許房地產開發企業在收取預收款時向購房者開具增值稅普通發票，開具增值稅普通發票時暫選擇“零稅率”開票，並在發票備註欄單獨註明“預收款”。(山東、湖北、黑龍江、江蘇等。)
房地產企業向購房者開具增值稅普通發票，稅率為3%，按照稅率預繳稅款。正式交易完成後，收到預付款時開具的增值稅普通發票進行沖洗，同時開具全額增值稅發票，按照相關適用稅率或征收率補稅。(河南等。)
壹些地方堅持房地產開發企業在收到預付款時可以向購房者開具收據。購房交易正式完成後，買方將憑收據向房地產開發企業換取增值稅發票。(新疆、江西等。)
中華人民共和國國家稅務總局公告第53號(2016)《中華人民共和國國家稅務總局關於營改增試點管理若幹問題的公告》(18年8月頒布)規定:...
(11)增加6項“無銷售額的非應稅項目”，用於納稅人收款但不銷售貨物、應稅勞務、服務、無形資產或不動產時。
“非應稅項目”下有601“預付卡銷售及充值”，602“自行開發房地產項目預付款”，603“申報繳納營業稅未補開發票”。
使用“無銷售行為的非應稅項目”代碼，發票稅率欄應填寫“非應稅”，不得開具增值稅專用發票。……
根據上述規定，房地產開發企業在收取預付款時，應向購房者開具增值稅普通發票，使用“無銷售行為的非應稅項目”代碼，並在發票稅率欄填寫“非應稅”。
二、房地產開發企業收到預收賬款如何納稅？
根據《中華人民共和國國家稅務總局關於發布公告的通知》(中華人民共和國國家稅務總局公告2016第18號)規定，第十條壹般納稅人以預收款方式銷售自行開發的房地產項目，在收到預收款時，按照3%的稅率預繳增值稅。
第十壹條預繳稅金的計算公式如下:
預繳稅金=預繳稅金÷(1+適用稅率或征收率)×3%
適用壹般計稅方法的，按照適用稅率11%計算；適用簡易計稅方法的，按照5%的稅率計算。
第十二條壹般納稅人應當在收到預繳稅款的次月的申報納稅期間，向主管稅務機關預繳稅款。
第十四條壹般納稅人銷售自行開發的房地產項目，適用壹般計稅方法的，應當按照《營業稅改征增值稅試點實施辦法》(財稅[2016]36號，以下簡稱《試點實施辦法》)第四十五條規定的納稅義務發生時間，以當期銷售額和適用稅率11%計算當期應納稅額。未預繳的稅款可結轉下期繼續抵扣。
第十五條壹般納稅人銷售自行開發的房地產項目適用簡易計稅方法的，按照《試點實施辦法》第四十五條規定的納稅義務發生時間計算當期應納稅額，按照當期銷售額和5%的征收率計算當期應納稅額，扣除預繳的稅款後，向主管國稅機關申報繳納。未預繳的稅款可結轉下期繼續抵扣。
第十九條房地產開發企業小規模納稅人(以下簡稱小規模納稅人)以預收款方式銷售自行開發的房地產項目的，在收到預收款時，按照3%的稅率預繳增值稅。
第二十條預繳稅金按照下列公式計算:
預繳稅金=預繳款÷(1+5%)×3%
第二十壹條小規模納稅人應當在預繳月份的次月申報納稅期間或者主管稅務機關批準的納稅期間，向主管稅務機關預繳稅款。
第二十二條小規模納稅人銷售自行開發的房地產項目，應當按照《試點實施辦法》第四十五條規定的納稅義務發生時間，以當期銷售額和5%的征收率計算當期應納稅額，扣除預繳的稅款後，向主管稅務機關申報納稅。未預繳的稅款可結轉下期繼續抵扣。
因此，房地產開發企業在收到預付款時，應按照3%的扣繳率計算預繳的增值稅。納稅義務發生時，應按照取得的價外費用總額和適用的計稅方法計算申報應繳納的增值稅，並可按規定抵扣預繳的增值稅。