會計制度設計的科學性原則是指系統性和合理性。
壹、會計制度設計簡介。
會計制度設計是指用壹定的理論、原則作指導，根據會計法規的規定，結合工作實際，運用文字、圖表等形式，對全部會計核算和監督的內容、會計事務處理程序和方法，以及企業負責人和會計人員的工作責任進行系統的規劃和設計的工作。
在上述界定中，包含了會計制度設計的原則、會計制度設計的方法和會計制度設計的內容等。
二、會計制度設計的基本原則。
1、充分借鑒國際慣例。
隨著國際經濟交往的日益增多，國際資本市場不斷形成和發展，向國際慣例靠攏已成為企業會計的壹大趨勢。因此，會計制度設計在立足國情，總結我國會計實踐基本經驗的基礎上，有關會計程序與方法的規定、會計報告體系的設計等，應充分借鑒國際會計慣例。
2、繁簡適度易於操作。
會計制度作為加強企業管理、保護財產安全的工具，在設計時壹定要繁簡適度，既要全面具體，又要簡潔明了。在設置核算報告及設計憑證、賬簿、報表格式以及各類會計業務處理程序時，要做到繁而不亂，簡而有用。
會計制度設計原則應遵循的標準：
1、符合國家的財經政策和法規、制度。
會計制度是經濟管理的重要組成部分，必須要與國家宏觀管理的財經政策、法規保持壹致。
2、符合會計準則。
會計準則是長期會計實踐的總結，也是評價會計工作優劣的標準，體現了會計工作的技術要求，概括了會計的特點，因此在會計制度設計時要充分體現會計準則的要求，以增強會計制度的權威性和約束力
3、理論與實踐相結合。
制度是指導會計實務的標準和規範，要有科學的理論作依據，但必須與客觀實際情況相適應，要通過實踐不斷地檢驗、不新修訂，才能達到預期的目標。