1、準備所需資料：企業需要準備好相關的稅務申報表、納稅證明、發票等資料；
2、填寫申請表：企業需要填寫所得稅退稅申請表，註明退稅金額、退稅原因等內容；
3、提交申請表和資料：企業需要將填好的退稅申請表和相關資料提交到當地稅務局；
4、審核：稅務局會對企業的申請表和資料進行審核，如有問題會要求企業補充或修改相關資料；
5、批準退稅：審核通過後，稅務局會批準企業所得稅退稅；
6、領取退稅款：企業可到當地稅務局領取所得稅退稅款，或者選擇到銀行開設稅收優惠賬戶，由稅務局將退稅款直接打入賬戶中。
公司繳稅需要的資料如下：
1、公司登記證明：包括工商營業執照、稅務登記證等證件。
2、財務會計資料：包括會計賬冊、財務報表等。
3、員工信息：包括員工的社會保險、個人所得稅等納稅信息。
4、合同協議：包括公司與客戶、供應商等簽訂的合同、協議等。
5、購銷票據：包括增值稅發票、收據等票據。
6、稅控設備：企業需要購買稅控設備，包括稅控盤、稅控發票印章等。
7、納稅申報表：企業需要按照規定填寫納稅申報表，包括增值稅納稅申報表、企業所得稅納稅申報表等。
綜上所述，農業公司的稅務管理需要嚴格按照國家稅收法規和當地稅務部門的要求進行，避免出現納稅不足或逃稅等問題，以免受到稅務部門的處罰。
法律依據：
《中華人民***和國企業所得稅稅前扣除辦法》 第九條
納稅人必須將經營活動中發生的成本合理劃分為直接成本和間接成本。直接成本是可直接計入有關成本計算對象或勞務的經營成本中的直接材料、直接人工等。間接成本是指多個部門為同壹成本對象提供服務的***同成本，或者同壹種投入可以制造、提供兩種或兩種以上的產品或勞務的聯合成本。
直接成本可根據有關會計憑證、記錄直接計入有關成本計算對象或勞務的經營成本中。間接成本必須根據與成本計算對象之間的因果關系、成本計算對象的產量等，以合理的方法分配計入有關成本計算對象中。