(壹)大藏省
大藏省(現為財務省②)是日本主管國內經濟的內閣部門。2001年之前，大藏省直接監管公認會計士行業。當時大藏省下設“企業會計審議會”(BAC)負責制定審計準則。審議會成員由大藏大臣任命，大藏大臣對於審計法人、日本公認會計士協會(JICPA)章程和人事任免有著直接管理權。因此，當時的公認會計士行業處於大藏省的嚴格監控之下。
(二)金融廳(FSA)
1999年，總理府下屬的金融廳成立，主要職責是對民間金融機構等進行檢查、監督，並監管證券交易。2001年1月，金融廳改組為金融再生委員會下屬的金融廳，同時，將原屬於大藏省承擔的有關金融制度的計劃、企業會計的管理等工作也劃轉到金融廳。2002年7月，中央各省廳進行了大規模的機構改革，金融廳也成為內閣府的壹個外局，金融再生委員會解散，其職能並入金融廳。
金融廳實施公認會計士監管主要通過下屬各個局、專門委員會進行。金融廳監管內容主要包括：
1. 批準審計法人設立
根據公認會計士法，金融廳具有批準審計法人設立、合並的權利。審計法人必須得到FSA批準才能成立。
2.檢查審計法人年度業務報告(annual business report)和個別審計業務綜述(summary of individual audit engagements)
每年，FSA都要檢查審計法人和公認會計士的年度業務報告。按照證券和交易法，公認會計士和審計法人還要將所有審計業務綜述向FSA備案③。按照公認會計士法，若FSA認為有必要，它還可以要求審計法人或者公認會計士提交其他報告。
3. 檢查特定公司的財務報告
在每個財政年度後的3個月之內，日本所有公眾公司要將其年度證券報告、經過公認會計士或者審計法人審計後的財務報告上交至FSA處。
4. CPA考試和檢查委員會的監管
金融廳下屬CPA檢查和考試委員會。該委員會有兩項職責：管理CPA考試，制定相關規則; 根據CPA和審計法人的行為，對其采取懲戒措施，並就FSA的征求懲戒行動方案是否充分提出建議。
5. FSA的懲戒措施
FSA的懲戒權力廣泛，主要包括: 暫停執業、取消註冊資格、取消審計法人的成立等。FSA的懲戒措施和結果應向公眾公布。
根據公認會計士法，JICPA是日本公認會計士的唯壹組織，並接受FSA的法定監管。1949年，JICPA成立，當時它還是壹個民間自願組織。1966年，JICPA按照公認會計士法進行重組。根據公認會計士法的規定，每壹個日本公認會計士都必須成為JICPA成員。
根據公認會計士法規定，JICPA的自律職能主要有：(1)對其成員進行質量控制，包括對於審計法人的審計業務進行質量檢查；(2) 會員的職業後繼教育；(3)積極參與到商業會計理事會(BAC)④的工作之中；(4)開拓成員的業務空間，與其他職業界組織進行合作和協調。其中， JICPA最重要的職能有：公認會計士資格註冊、參與BAC制定準則及審計法人的質量監控。為履行職責，JICPA還建立了具體執行機構開展活動。 JICPA重要自律活動包括：參與制定審計準則; 審計質量控制的自我監管職能。
(壹)制定審計準則
20世紀90年代，BAC和JICPA***同制定了日本審計準則⑤。審計準則和實務指引***同構成了日本公認會計士的壹般公認審計準則(GAAS)，JICAP會員必須遵守GAAS。
(二)審計質量控制
為保證和提升公認會計士行業的執業質量，JICPA設計了兩項制度安排：審計法人質量控制檢查和個別審計業務檢查。其中，質量控制檢查類似於“普查”，而業務檢查類似於“重點檢查”。兩項檢查的有效結合，使得JICPA有效地提高了對公認會計士行業質量控制的效率和效力。
1.審計法人質量控制檢查制度(Quality-assurance monitoring reviews)
(1)該項制度產生的背景和內容
20世紀90年代，日本處於經濟衰退階段。JICPA面臨外部環境的巨大壓力，因此引入了事後審計檢查制度。1997年3月， JICPA成立了質量控制項目組，負責對質量控制相關問題進行研究。1998年3月，該質量控制項目組發布了壹份關於實施質量控制檢查的重要報告，提議 JICPA的全職專業人士對於涉及公***公司審計的審計法人和公認會計士進行質量保證監控檢查，即所有的審計法人和公認會計士應每3年接受壹次檢查，以評估他們的執業行為是否遵循JICPA審計準則委員會第12號文件。但考慮到小規模審計法人具有壹定的特殊性，JICPA不同意對此采用同業檢查制度。另外，質量檢查也僅適用於審計業務，並不適用於管理咨詢服務。
2003年，修訂後的公認會計士法確認JICPA具有質量控制檢查的合法權利，才使得這壹制度在法律地位上得到確認和保護。
(2)實施機構和程序
該制度主要由質量控制檢查委員會和質量控制監管委員會負責實施。
為了有效實施質量控制檢查制度，JICPA建立了質量控制檢查委員會。該委員會主要由JICPA理事會成員和其他經驗豐富的成員組成，主要負責檢查方法的設計。具體執行由質量控制小組⑥負責，委員會對小組的活動進行指導。
質量控制監管委員會是負責監控復核體系的有效性和獨立性的機構，主要負責評估質量控制檢查委員會和檢查小組的工作，並提出建議⑦。2003年公認會計士法的修訂直接促進了監管委員會的重組。
2.個別審計業務檢查(Individual Engagement Review)
檢查工作由兩個專門委員會完成：審計實務和檢查委員會負責執行復核；審計實務監管委員會負責檢查復核，即實施再復核。
1978年，為應對要求JICPA提升自律職能的公眾呼聲，JICPA成立了審計實務和檢查委員會。該委員會負責收集各個重要新聞報紙關於報表粉飾、公司舞弊的信息；在必要的時候，檢查JICPA收到的舉報案件。該委員會具體負責檢查審計法人如何執行審計業務、審計意見是否有充分證據支持。如果檢查結果表明審計工作存在重大不合理之處，委員會將向審計師們提出改正建議；如有必要更進壹步進行職業道德檢查時，委員會將案件交給審計和懲戒檢查委員會，由後者決定是否需要進壹步的檢查程序。可見，審計實務和檢查委員會為審計法人提供指引和建議，以提高審計實務水平，預防審計法人的執業行為進入懲戒界限之內。
為了增強JICPA工作的透明度，在2001年度會員大會上，JICPA決定成立審計實務監管委員會，作為JICPA的永久性機構。 2001年11月，審計實務監管委員會正式成立。委員會的職責是：檢查JICPA審計實務和檢查委員會、道德委員會、審計和懲戒檢查委員會的工作，並出版 JICPA審計實務監管年度報告，對公眾公布。
(三)會員處罰
會員處罰是JICPA自律系統重要組成部分之壹，JICPA設立了審計和懲戒檢查委員會和道德委員會等專門委員會負責此項職責。
審計和懲戒檢查委員會負責研究、調查審計實務和檢查委員會遞交的案件，判斷它們是否有違道德準則和GAAS。對於不能確定是否違反道德準則的案件，JICPA主席要求道德委員會討論是否懲戒。
道德委員會由27名成員組成，主要負責調查涉及案件的CPA公司和審計法人。受到調查的公認會計士必須接受質詢，並向道德委員會提交必要材料。委員會可以采取的懲戒措施主要包括：批評訓斥；暫停壹段時間的成員資格；要求FSA取消CPA公司或者審計法人的資格。對於初級審計師，道德委員會可以取消其JICPA成員的資格。