(1)辦公室
負責文電、會議、接待、機要、檔案等機關的日常運行；承辦宣傳、信息、安全、保密、監察、信訪、政務公開、綜治、提案、計劃生育等工作；指導全市林業生態文明和生態文化建設相關工作。
(2)造林管理科
指導植樹造林、封山育林、退耕還林，通過植樹種草等生物措施防止水土流失；指導各類公益林和商品林的培育和管理；組織、指導、監督和管理林木種苗的生產、流通和森林病蟲害的預防、檢疫、預測預報工作；指導全市國有(民營)林場、森林苗圃和森林公園的建設和管理；組織實施應對氣候變化的林業政策和措施；監督管理林業生物種質資源和轉基因生物的安全；承擔國內外林業科技合作與交流的相關工作，指導全市林業系統的涉外工作。
(3)林業局資源保護管理科(林權爭議調解辦公室)
組織全市森林資源、陸生野生動物資源和濕地的調查、動態監測和評價；組織編制全市森林采伐限額；指導和監督憑證采伐和運輸木材、竹材；負責木材、竹材(含加工)經營許可的審批和監督管理；監督管理林地的征用、占用和開發利用，依法承擔全市征用、占用林地的初審工作；指導、監督和管理全市陸生野生動物資源的保護、合理開發和利用，監測疫點和疫點；指導全市森林、陸生野生動物和濕地自然保護區的建設和管理；組織和指導全市林業改革和農村林業發展；指導全市林權爭議調解工作，承擔全市跨縣(市、區)林權爭議調解工作，協調處理跨市林權爭議。
⑷規劃和財務科
組織和指導全市林業生態補償制度及其生態建設的實施；編制並組織實施部門預算；承辦全市林業基本建設和財政投資項目的審批；指導全市林業基金的征收和管理；指導和監督縣(市、區)林業專項資金的管理和使用；監管市級林業國有資產；指導全市林業會計工作；負責林業統計，指導林業利用外資。
(5)人事科學和教育
承辦局機關及直屬單位的機構編制、幹部人事、勞動工資；擬訂林業人才培訓和教育發展規劃；指導林業專業隊伍建設；負責在職人員的繼續教育和培訓；負責局機關離退休人員的管理和服務工作；指導林業實用技術的應用和科技成果的推廣；組織實施林業科學技術研究和成果應用；承擔全市林業標準化、林業技術監督、植物新品種保護和管理工作。
(6)政策法規科(行政許可服務科)
對全市林業及其生態建設提出建議；組織制定相關地方性規範性文件並監督實施；指導和協調全市林業行政執法和執法監督工作；協調監督重大林業行政案件的調查處理，承辦林業行政訴訟、行政復議和聽證相關工作；管理林業行政許可。
九江市綠化委員會辦公室。承擔市綠化委員會的具體工作；指導、協調和監督公民義務植樹和綠化；負責組織征收綠化費；監督管理古樹名木的保護；指導和管理防沙治沙工程建設。
九江市人民政府森林防火指揮部辦公室(副處級)。承擔市政府森林防火指揮部的具體工作；指導和監督全市森林火災預防和撲救工作；承擔森林火災預警和監測，發布森林火災預報和森林火災信息；組織、指導和協調武裝森林警察部隊和專業森林滅火隊的防火工作；協調地方和部門之間有關森林防火的重大問題。
機關黨委。負責局機關和直屬單位的黨群工作。
紀委(監察室)。作為市紀委(市監察局)的派駐機構，市紀委派駐市林業局的牌子負責機關及下屬單位的紀檢監察工作。