甘肅省財政廳設20個內設機構：
（壹）辦公室。
負責協調機關日常工作；承擔有關重要會議的組織、有關重要報告和文件的起草；承擔財政信息、宣傳、新聞發布、政府信息公開工作；負責文電、機要、信訪、安全保密、檔案和機關財務、資產管理等工作；負責重要工作的督查督辦。
（二）綜合處（條法處）。
分析預測宏觀經濟形勢並提出政策建議；擬訂收入分配政策和改革方案；管理住房改革預算資金；會同有關方面擬訂土地、礦產等國有資源收入政策；擬訂全省政府非稅收入政策，並監督檢查政策落實；審批行政事業性收費項目，參與標準核定；承擔彩票管理的有關工作；組織協調財政法規草案的擬訂，審核其他法規草案中有關財政稅收的條款；承擔機關規範性文件的合法性審核及備案工作；承擔財政部門行政復議、行政應訴和國家賠償費用管理工作。
（三）稅政處。
貫徹落實國家稅收政策，組織實施稅制改革政策；行使賦予地方的稅收管理職能，擬訂相關稅收政策調整建議；組織開展稅源調查和重點產品國際競爭力調查，擬訂調整我省企業關稅稅目、稅率的意見建議；承辦我省企業提出的稅收減免、退庫、出口退稅建議；承擔省農村綜合改革領導小組辦公室的具體工作。
（四）預算處。
擬訂全省財政政策、財政體制、預算管理制度和中長期財政規劃建議；編制年度省級預決算草案，辦理預算追加事宜；匯總年度全省財政預算；負責省級部門預算審批、調整工作；承擔省級部門支出標準體系建設及項目庫管理工作；研究建立財政支出績效評價制度和評價體系；負責省對市縣的轉移支付工作，指導市縣財政預算管理和改革工作；擬訂全省政府性債務管理制度和辦法。
（五）市縣財政管理處。
參與擬訂省以下財政管理體制意見建議；負責省對市州及直管縣財政管理體制改革的具體工作，指導市縣完善對下的財政管理體制；審核、匯總市縣年度預算；參與辦理省對市縣年度決算、結算及全省決算匯審工作；監督檢查省級下達市縣各類專項補助，壹般性轉移支付資金的分配、管理使用，以及主要政策的落實情況，組織進行績效評價；指導市縣地方政府性債務管理工作。
（六）國庫處。
負責財政預算執行及分析預測；制定財政國庫管理制度；負責財政國庫集中收付制度改革；調度撥付財政資金；統壹管理財政和預算單位銀行賬戶；承擔政府會計管理及總會計核算工作；組織編審財政總決算和部門決算；負責財政國庫信息化建設；指導和監督國家金庫甘肅分庫業務；承擔地方國庫現金管理工作；負責管理政府債券發行、兌付、核算相關工作。
（七）省非稅收入征收管理處。
擬訂全省非稅收入征收管理制度和實施辦法；負責省本級非稅收入的征收管理，並將資金及時解繳國庫或財政專戶；組織實施全省非稅收入收繳管理改革、征收管理系統建設；管理全省財政票據；開展非稅收入日常監督和專項稽查；承擔全省非稅收入統計和綜合分析工作；指導全省非稅收入征收管理工作。
（八）政府采購辦公室。
貫徹執行國家有關政府采購的法律法規和方針政策，負責擬訂和執行全省政府采購規章制度，監督管理全省政府采購工作；負責擬訂全省政府采購目錄；承擔全省政府采購信息發布、統計評價工作；承擔省級政府采購資金結算工作；承擔省級政府采購專家庫的建立、管理工作；指導全省政府采購工作。
（九）行政政法處。
負責分管單位的部門預算有關工作；擬訂行政性經費財務管理制度；參與擬訂分管單位行業發展規劃和相關政策、制度；制定省級壹般性支出開支標準和定額；承擔黨政、政法機關經費保障工作；對專項資金進行追蹤問效，監督項目實施中資金的管理使用和配套到位情況，進行項目完成後的效益考核；審核分管單位的年度財務決算。
（十）教科文處。
負責分管單位的部門預算有關工作，研究提出相關財政政策；組織執行事業單位財務管理規則，擬訂有關教科文事業財務管理制度；參與擬訂分管單位行業發展規劃和相關政策、制度；承擔義務教育經費保障機制改革的具體工作；承擔省級國有文化企業財務管理有關工作；對專項資金進行追蹤問效，監督項目實施中資金的管理使用和配套到位情況，進行項目完成後的效益考核；審核分管單位的年度財務決算。
（十壹）經濟建設處。
負責分管單位的部門預算有關工作；參與擬訂分管單位行業發展規劃和相關政策、制度；擬訂有關專項資金使用管理辦法；管理省級預算內基本建設、地方債券等投資；承擔有關政策性補貼和專項儲備資金財政財務管理工作；對專項資金進行追蹤問效，監督項目實施中資金的管理使用和配套到位情況，進行項目完成後的效益考核；審核分管單位的年度財務決算；承擔財政投資評審管理工作。
（十二）農業處。
負責分管單位的部門預算有關工作，研究提出相關財政政策；參與擬訂分管單位行業發展規劃和相關政策、制度；擬訂全省財政支農資金管理有關制度和辦法，管理支農專項資金、財政扶貧資金和政策性農業和扶貧專項貸款貼息；對專項資金進行追蹤問效，監督項目實施中資金的管理使用和配套到位情況，進行項目完成後的效益考核；審核分管單位的年度財務決算。
（十三）社會保障處。
負責分管單位的部門預算有關工作，擬訂相關財政政策；參與擬訂分管單位行業發展規劃和相關政策、制度；編制省級社會保障預決算草案；審核全省社會保險基金預決算草案；管理財政社會保障和就業及醫療衛生支出；擬訂有關資金（基金）財務管理辦法；承擔社會保險基金財政監管工作；對專項資金進行追蹤問效，監督項目實施中資金的管理使用和配套到位情況，進行項目完成後的效益考核；審核分管單位的年度財務決算。
（十四）企業處（地方金融處）。
負責分管單位的部門預算有關工作；貫徹落實支持國有企業改革發展的財政政策；組織實施《企業財務通則》等財務制度；參與擬訂分管單位行業發展規劃和相關政策、制度；負責省本級和指導地方開展國有資本經營預算工作；承擔全省企業財務信息管理工作；承擔資產評估事務所及其分支機構的設立、合並、終止的審批及管理工作；負責省屬金融機構國有資產與財務監管，參與省屬金融機構改制工作；對專項資金進行追蹤問效，監督項目實施中資金的管理使用和配套到位情況，進行項目完成後的效益考核；審核分管單位的年度財務決算。
（十五）行政事業單位國有資產管理處。
擬訂全省行政事業單位國有資產管理辦法及省級行政事業單位國有資產管理配套制度和辦法；擬訂全省行政事業單位國有資產配置標準，編審省級行政事業單位國有資產配置預決算；承擔配置、處置、調劑、出租、出借以及利用國有資產對外投資、擔保等事項的審批工作；承擔與行政單位尚未脫鉤經濟實體、事業單位創辦的具有法人資格企業等的國有資產監管工作。
（十六）國際處。
負責全省國際金融組織和外國政府貸（贈）款業務；審批和管理省級外事經費、償債資金、還貸準備金等專項資金及非貿易外匯；會同有關部門承擔全省財政對外交流與合作以及與國外貸款項目有關的出國（境）學習培訓工作。
（十七）信息管理處。
制定全省財政信息化建設規劃和預算；制定財政信息化建設實施規範、技術標準和管理制度；承擔財政業務專網、應用系統和辦公自動化系統建設管理工作；承擔財政網絡系統安全和保密管理工作；編制信息化專項資金使用計劃，監督資金使用；制定信息技術培訓計劃。
（十八）會計處。
組織實施會計準則制度、內部控制規範；管理全省會計從業資格；承擔高級會計師評審及會計專業技術資格考試、會計人員繼續教育管理工作；承擔會計師事務所及其分支機構的設立、合並、終止的審批及管理工作；組織實施會計信息化標準。
（十九）財政監督檢查局。
擬訂財政監督檢查政策和制度；監督財稅法規、政策執行，檢查反映財政收支管理中的重大問題，提出加強財政管理的政策建議；監督檢查會計信息質量、註冊會計師及會計師事務所執業質量，依法查處違法行為；指導全省財政監督檢查工作。
（二十）人事處。
負責廳機關、直屬及歸口管理單位機構編制、人事管理和因公因私出國出境政審工作；承擔廳機關和直屬及歸口管理單位幹部職工隊伍建設工作；牽頭負責廳系統離任審計工作；制定並組織實施財政系統教育培訓規劃，指導各地財政教育培訓工作；會同有關部門開展內部監督工作；負責廳機關、直屬單位離退休幹部職工工作。