如何設置會計機構如下：
各單位應當根據會計業務的需要，設置會計機構，或者在有關機構中設置會計人員並指定會計主管人員；不具備設置條件的，應當委托經批準從事會計代理記賬業務的中介機構代理記賬 。
了解企業單位設置會計機構之前，首先明確，企業單位指的是那些自負盈虧、自主經營、自我發展的盈利單位。它包括各種類型的企業組織。壹般而言，除了那些規模小、業務簡單而不需要設立專門會計機構的單位外（但必須進行正常的會計核算），所有的企業單位都必須要設置會計機構。
會計機構應遵循以下基本原則：
1、合規合法原則。內部財務會計控制應當符合國家有關法律法規和會計基礎工作規範，以及單位的實際情況。
2、全員性原則。內部財務會計控制應當約束醫院內部涉及會計工作的所有人員，任何個人都不得擁有超越內部會計控制的權力。醫院院長應當對該院的內部會計控制的建立健全及有效實施負責。
3、全面性與系統性結合原則。內部財務會計控制應當涵蓋醫院內部涉及會計工作的各項經濟業務及崗位。並應針對業務處理過程中關鍵控制點。落實到決策、執行、監督、反饋等各個環節。
4、權責明確、相互制衡原則。內部會計控制應當保證醫院內部涉及會計工作的機構、崗位的合理設置及其職責權限的合理劃分，堅持不相容職務相互分離，確保不同機構和崗位之間權責分明、相互制約、相互監督。
5、成本效益原則。內部財務會計控制應當遵循成本效益原則，以合理的成本達到最佳的控制效果。
6、動態性原則。內部財務會計控制應隨著外環境的變化，醫院業務職能的調整和管理要求的提高，不斷修改和完善。