2.營業稅或增值稅等流轉稅在當地繳納。但公司跨地區設立總機構的，所得稅由總機構計算，分支機構按比例在當地繳納。
3.在匯總繳納所得稅的基礎上，肯定要匯總全公司的報表，但同時也要單獨核算，以區分分支機構的收入、工資和資產。
4.總公司是否收管理費只是公司內部利潤分配的計算方法，因為所得稅要匯總計算，不會影響整個公司的所得稅。
5.建議總行對管理費內部核銷收取管理費，或者掛應收應付等其他往來科目。總公司最好不要確定收入，否則又要交流轉稅。
該分支機構的特點如下:
(1)分公司沒有自己獨立的財產，其實際占有和使用的財產是總公司財產的壹部分，計入總公司的資產負債表。
(2)分公司不獨立承擔民事責任。
(3)分公司不是公司，其設立不需要遵循公司設立程序，只要履行簡單的登記和工商手續即可設立。
(4)分公司沒有自己的章程，沒有董事會形式的公司決策和業務執行機構。
(5)分公司的名稱，只要在總公司名稱後面加上分公司字樣即可。
子公司是與母公司相對應的法律概念。母公司是指在另壹家公司中擁有壹定比例以上股份或通過協議能夠實際控制另壹家公司的公司。子公司是指其股份由另壹家公司擁有或通過協議由另壹家公司實際控制的公司。子公司具有法人地位，能夠獨立承擔民事責任，這是子公司與分公司的重要區別。
獨立核算和非獨立核算是針對分公司的。總公司怎麽選？
獨立核算是指對單位的經營活動和成果進行全面系統的核算。獨立核算單位的特點是:管理上有獨立的組織形式，有壹定的資金，在當地銀行開戶；獨立開展業務活動，能夠與其他單位簽訂經濟合同；獨立核算盈虧，設置獨立的會計機構，配備會計人員，有完整的會計工作組織體系。
非獨立核算，又稱報賬制，是指將與本單位業務活動有關的日常業務信息，按日或定期報送上級單位進行核算。非獨立核算單位的特點是:壹般由上級撥出壹定數額的流動資金從事經營活動，所有收入全面上繳，所有費用向上級報銷，不單獨計算損益，只記錄和計算少數主要指標進行簡單核算。
法律依據
中華人民共和國公司法
第十四條公司可以設立分公司。設立分公司應當向公司登記機關申請登記，領取營業執照。分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。
公司可以設立子公司，子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任。