目前，淮安食品學院有15個專業，分別是:
食品科學與工程、食品質量與安全、食品營養與檢測、食品加工與管理、輕化工程、制藥工程、生物工程、生物技術、環境科學與工程、土木工程、機械設計與制造及其自動化、工業設計、工商管理、市場營銷與會計。
其中，食品科學與工程是學校的重點專業之壹，負責培養能從事食品加工、研發、設計、管理和科研工作的高級專門人才；食品質量與安全專業註重學生對食品安全與質量控制的理解和掌握，培養能從事食品檢測和食品質量管理工作的人才。此外，食品營養與檢測專業重點培養能從事食品檢測、營養評價和健康指導的人才。
除上述專業外，生物工程、制藥工程、生物技術等專業也是淮安食品學院的優勢專業之壹，重點培養能在醫療、藥學、農業生產、生物技術等領域從事科學研究、技術開發和管理的高級專門人才。同時，輕化工程、土木工程、機械設計、制造及其自動化等工科專業也成為學校的創新點和亮點，在教學和科研方面具有獨特優勢。
此外，學校還開設了工商管理、市場營銷、會計等管理專業。，重點培養能夠從事企業管理和財務管理的高層次人才，滿足社會對各類人才的需求。
總之，淮安食品學院專業設置齊全，涵蓋工程、管理、經濟等領域，以食品、生物、機械為主要發展方向，旨在培養全面、實用的高素質人才，為社會經濟發展做出貢獻。