由於代理記賬只是對企業壹定時期業務的匯總核算，會計主要核算當期的經營成果，失去了財務會計在企業管理過程中的監督作用。這種事後核算的模式無法為企業管理提供正確的指導，往往在發現問題時會導致不可挽回的遺憾。
考慮到效率和成本，大部分小企業並不具備完善的會計能力，所以越來越多的公司選擇代理記賬，將自己的會計工作委托給代理記賬公司，只設置出納負責公司的日常收支業務和財產保全。這樣就可以把企業的資源集中在效率高、發展前景好的業務上，實現企業利潤最大化。
同時，在記賬過程中，會計不參與企業的日常業務。如果老板不把業務做壹個詳細的記錄，壹個月後連他自己的很多問題都不會清楚。這種情況的出現給會計核算帶來了很多障礙，比如現金和銀行混淆，過賬核銷不及時，存貨和現金倒掛等。表面上看起來是會計的賬務處理能力不高，實際上是代理機構與企業業務溝通不夠造成的。
老板不能在年底或者企業出現重大財務問題的時候關心財務問題，而是要不斷學習財務知識。壹方面，理財是老板不可推卸的責任；另壹方面，只有通過財務分析，才能掌握公司的經營狀況，促進公司的健康發展；另壹方面，便於對代理記賬公司的工作結果進行監督和驗收。
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