根據新《企業會計準則第16號———政府補助》規定及農民專業合作社自身特點，政府補助會計核算：
1、合作社取得與資產有關的政府補助，收到款項時借記“銀行存款”科目，貸記“專項應付款”科目，自相關資產轉入使用時，把“專項應付款”科目結轉到“專項基金”科目。
2、基地產品損失、資產損失政府補助，取得時直接計入當期損益。合作社收到政府補助金額時，借記“銀行存款”科目，貸記“專項應付款”科目，同時，將專項應付款結轉到“其他收入”科目。
3、對項目資助補助，政府部門有的要先預撥資金，有的直接在項目完成驗收合格後壹次性撥款。收到款項時，借記“銀行存款”科目，貸記“專項應付款”科目，並把形成資產部分的金額從“專項應付款”科目結轉到“專項基金”科目。未形成資產部分的專項應付款，結轉到“在建工程”科目。
擴展資料：
企業會計準則第16號——政府補助
第六條
政府補助同時滿足下列條件的，才能予以確認：
（壹）企業能夠滿足政府補助所附條件；
（二）企業能夠收到政府補助。
第七條
政府補助為貨幣性資產的，應當按照收到或應收的金額計量。
政府補助為非貨幣性資產的，應當按照公允價值計量；公允價值不能可靠取得的，按照名義金額計量。
第八條
與資產相關的政府補助，應當沖減相關資產的賬面價值或確認為遞延收益。與資產相關的政府補助確認為遞延收益的，應當在相關資產使用壽命內按照合理、系統的方法分期計入損益。
按照名義金額計量的政府補助，直接計入當期損益。相關資產在使用壽命結束前被出售、轉讓、報廢或發生毀損的，應當將尚未分配的相關遞延收益余額轉入資產處置當期的損益。
第九條
與收益相關的政府補助，應當分情況按照以下規定進行會計處理：
（壹）
用於補償企業以後期間的相關成本費用或損失的，確認為遞延收益，並在確認相關成本費用或損失的期間，計入當期損益或沖減相關成本；
（二）
用於補償企業已發生的相關成本費用或損失的，直接計入當期損益或沖減相關成本。
第十條
對於同時包含與資產相關部分和與收益相關部分的政府補助，應當區分不同部分分別進行會計處理；難以區分的，應當整體歸類為與收益相關的政府補助。
第十壹條
與企業日常活動相關的政府補助，應當按照經濟業務實質，計入其他收益或沖減相關成本費用。與企業日常活動無關的政府補助，
應當計入營業外收支。
第十二條
企業取得政策性優惠貸款貼息的，應當區分財政將貼息資金撥付給貸款銀行和財政將貼息資金直接撥付給企業兩種情況，分別按照本準則第十三條和第十四條進行會計處理。
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