主要職能:綜合協調、行政管理、文秘工作、接待工作、信息管理和安全保衛；綜合檔案管理、綜合目標管理、系統管理和綜合管理；黨務、紀檢監察、審計管理、信訪、統戰、工青婦綜治；省輸血協會秘書處。
人力資源部
主要職能:負責幹部人事工作、外事管理、機構編制、員工登記錄用、職稱評聘、員工考核獎勵、工資福利、考勤、社會保險、人事檔案管理、計劃生育工作、離退休幹部員工管理；培訓管理、繼續教育、省級血液專業崗位培訓中心的日常工作。
財務科
主要職能:負責預算管理、資金管理、價格收費管理、成本管理、會計信息和會計檔案管理。
後勤服務部(下設基建辦公室)
主要職能:負責物資采購、倉庫管理、固定資產管理、物業管理、基礎設施、設備及水電管理、車輛管理、消毒供應、衛生管理、消防安全、危險化學品管理、其他後勤管理、基本建設的組織實施和管理。
質量與法規部(包括質量管理、法律事務和臨床服務)
主要職能:負責體系文件管理、質量管理、質量控制、質量監控、質量信息管理、質量審核、臨床用血管理；投訴和報告的管理；業務檔案審計；醫務室的管理，獻血者不合格血液檢測結果的反饋；分支機構的業務管理和質量監督管理；實驗室和省質控中心血液質量領導小組的日常工作；臍帶血造血幹細胞庫的質量監督和省血液質量管理委員會的日常管理。
獻血服務部門(包括社會事務、流動采血和成分獻血)
主要職能:負責制定采血計劃、獻血組織、宣傳、招募管理、固定獻血者數據庫管理、省級稀有血型數據庫管理、標簽管理、獻血者合格血液檢測結果反饋；獻血點管理、獻血者咨詢、體格檢查、初篩、全血和血液成分采集、獻血監測、獻血服務、獻血者資料登記和血液處理；臨安市采血點的管理。
臨安采血點
主要功能:儲存、血液貯存和運輸。
準備和供應部
主要職能:負責用血計劃管理、血液儲存、血液保管、冷鏈管理、血液調度和血庫值班管理；組分制備和血液輻照；科研用血管理。
試驗中心
主要職能:負責血液樣本規定項目的初檢和復檢；檢驗試劑、預留樣品的管理和實驗質量控制；承擔集中標本檢測、分支樣本采集和初篩檢驗的技術指導；在艾滋病篩查中心實驗室工作。
信息中心
主要職能:負責中心所有信息系統的技術工作，保證其正常運行，包括省級血液管理信息系統、中心內外網站、內外郵件系統、網絡規劃與安全、業務數據統計，為各種計算機應用提供技術支持；圖書管理。
輸血醫學研究所
主要職能:負責中心的科研管理和中心學術委員會的日常工作；承擔衛生部血液安全研究重點實驗室的工作；負責中心輸血醫學相關研究、參考血型和組織配型、臍帶血幹細胞研究、臍帶血造血幹細胞庫技術支持。
分局:建德分局
主要職能:負責當地獻血者的招募和動員、體檢咨詢、獻血者監測、血液采集、儲存、發放、血液儲存和運輸。