應納稅額的計算方法不同：壹般納稅人采用由當期銷項稅額抵減當期進項稅額的方法計算應繳稅款，即應納稅額=當期銷項稅額-當期進項稅額，而小規模納稅人實行簡易辦法計算應納稅款，即按照銷售額和規定的征收率計算應納稅額，計算公式為：應納稅額=銷售額×征收率。
但符合壹般納稅人條件如果不申請辦理壹般納稅人認定手續的和會計核算不健全，或者未能提供準確稅務資料的壹般納稅人，應按銷售額依照增值稅稅率計算應納稅款，不得抵扣進項稅額，也不得使用增值稅專用發票，即應納稅額=銷售額×增值稅稅率。
納稅人申請壹般納稅人的註意事項
申請轉正而未通過被取消臨時壹般納稅人資格的企業，應當繳銷領購的增值稅專用發票，停止使用增值稅專用發票，如果已納入防偽稅控系統，就要繳金稅卡、銷防偽稅控ic卡。
市內跨區遷移的壹般納稅人應在稅務登記變更時，向遷出地稅務機關繳銷增值稅專用發票及其領購簿，註銷防偽稅控機金稅卡、ic卡的登記資料，並且持遷出地稅務機關開具的壹般納稅人遷移證明及有關資料向遷入地稅務機關申請核準壹般納稅人資格，填報《增值稅壹般納稅人核準申請表》壹式二份。
遷入地稅務機關按規定的程序審核企業資格，核定其月專用發票供票面值與供票數量及限額，制發《增值稅壹般納稅人核準通知書》。