債券代持業務最初源於貨幣市場基金為規避持有債券久期的限制和提高投資收益率的目的，進而逐步發展為銀行間市場成員之間壹種普遍的操作模式。自《企業會計準則》實行以來，債券代持業務又為金融資產重新分類、調控會計利潤等提供了便利。其特征主要表現為與同壹交易對手在壹定期間內對相同品種和數量的債券進行反向交易．單向或雙向交易價格與債券估值偏離，債券交易價差年化收益率和同期回購利率基本相當，並有從雙方交易向三方或多方交易轉變的趨勢。手法更具隱蔽性。因此債券代持業務主要影響以下方面：
(壹)債券代持業務約束性較弱，容易對社會信用造成不良影響
債券代持業務的原本意圖是債券持有方通過代持方間接持有債券。但是雙方為規避監管．均不願意簽訂書面協議，在操作上體現為正常的買賣交易。如果市場利率波動較大。代持期結束時回購價格可能與債券的市值差距增大．因而存在雙方不願履行口頭協議的可能。如果發生糾紛，雙方除了道德約束，沒有其他維權措施，難以保障自身利益。例如，某證券公司在2007年度代持2.7億元債券，由於央行經過數次加息，債券價值下降，債券持有方在代持期結束時違反約定不予回購，導致該證券公司直接虧損2500萬元。由於金融業信用是市場經濟信用的基礎．金融企業違約行為，必將對社會信用產生不良影響。
(二)債券代持業務放大資產規模，杠桿投資風險不容忽視
債券持有方通過購買債券壹委托代持壹獲取資金壹再購買債券壹再委托代持循環，可快速放大資產規模提高投資杠桿。如某金融企業通過購買1億元債券，利用兩次代持，可獲取3億元債券風險和報酬的實質控制權．投資杠桿放大3倍，壹旦市場利率上升，債券價值下降，債券持有方將面臨3倍虧損的風險。同時，由於債券代持業務外在表現為債券交易，隱性放大3倍的債券持有規模未在會計報表中予以反映．也沒有在附註中披露相關信息，可能會造成報表使用人判斷失誤。
(三)規避債券久期限制，提高投資收益率
為保障貨幣市場基金的流動性。《貨幣市場基金管理暫行規定》規定貨幣市場基金不得投資剩余期限超過367天的債券。由於債券久期與投資收益率正相關，貨幣市場基金迫於市場排名或提高收益率的壓力．壹般通過銀行間市場尋找代持方代其持有剩余期限超過367天的債券以提高其收益率。具體而言，通常先買入高收益債券，在資產負債表日前以賣出的形式轉讓給代持方。在資產負債表日後再從代持方贖回以規避監管限制。其表現特征主要是跨期交易、期間較長，交易價格單方或雙方與債券估值相偏離率較高。
(四)規避資本市場波動影響，違規進行金融資產重分類。
根據企業會計準則的相關規定。企業在對金融資產進行初始確認和計量時，根據持有意圖將金融資產進行分類，並禁止對金融資產重新分類。由於交易性金融資產和可供出售金融資產應當采用公允價值計量，公允價值變動對投資收益影響不壹。當資本市場波動較大時。企業為保證“投資收益平滑可持續”，通過債券代持業務，將交易性金融資產重分類為可供出售金融資產。如：A公司與B公司於2009年12月14日達成協議，A公司將分類為交易性金融資產的810萬份08鐵道06債券以90.4元/份的凈價賣給B公司，並於當天又向B公司以相同的凈價買入上述債券，買入的債券分類為可供出售金融資產。A公司通過賣出債券終止確認交易性金融資產，並通過重新買入債券劃分為可供出售金融資產，完成金融資產重分類，將該債券公允價值變動對投資收益的影響轉移到資本公積上來，從而實現“投資收益平滑可持續”的目的。
(五)兌現浮盈浮虧，調控會計利潤
《企業會計準則》規定企業應根據管理層持有意圖對金融資產進行分類。由於管理層持有意圖難以客觀量化，外界機構難以評估，而逐步成為對金融資產分類的“自由裁量權”。企業利用該“自由裁量權”將大部分金融資產分類為可供出售金融資產，在減少資本市場對投資收益影響的同時，將公允價值變動的影響儲存在資本公積科目。如某企業2008年新增資金110億元，可供出售金融資產幾乎同金額增加111億元。資產負債表日前根據需要通過債券代持業務兌現浮盈浮虧，調控利潤。如甲企業為完成總公司制定的考核指標，和同壹交易對手於2008年12月在0—3天內對分類為可供出售金融資產、相同品種和數量的債券進行不轉移實質所有權的交易，涉及可供出售金融資產交易金額25.74億元，兌現可供出售金融資產公允價值變動產生的浮盈，虛增投資收益15345萬元；乙企業為少繳納企業所得稅，通過和同壹交易對手約定在同壹日結算的方式，於2009年12月對相同品種和數量的債券進行不轉移實質所有權的交易，涉及可供出售金融資產交易金額21億元．兌現可供出售金融資產公允價值變動產生的浮虧，虛減當年投資收益1.23億元，從而少繳企業所得稅3086萬元。