事業單位的會計核算存在壹定問題。其壹，記賬憑證的填制不夠準確。比如，因財務人員業務水平不高而導致業務處理不及時、會計科目使用不規範。其二，貨幣資金管理有漏洞。在實際工作中，有些事業單位對出納工作監督不到位，很少對庫存現金進行盤點。大額現金支付、公款私存現象在部分單位仍然存在。其三，固定資產管理不規範。壹些事業單位在固定資產管理中存在著“重采購、輕管理”的現象，固定資產在使用、維護、處置等方面管理不規範，使用效率低下，在壹定程度上造成了國有資產的流失。
（二）財務監督問題
隨著經濟多元化的發展和經濟體制改革的不斷深入，事業單位的財務監督難度逐年提升，財務監督中存在的問題也日益凸顯。有些事業單位財務監督制度不夠完善，僅僅與報銷費用和審批管理等方面有關，並沒有建立起完整的財務監督制度體系。無法做到“事前預測、事中控制、事後核查”的監管要求，直接導致財務監督流於形式。還存在著無法分清會計監督與審計監督概念的情況，直接削弱了會計監督的力度。如此壹來，事業單位整體的會計工作與經濟活動都處於監督無力的狀態之中，致使違紀現象叢生。
（三）財務報表信息缺乏準確度
事業單位由於其特殊的單位性質，財務報表的構成也不同於企業。通常，企業的財務報表主要由三類構成，即資產負債表、損益表、現金流量表；而事業單位的財務報表主要由資產負債表和收入支出表構成。而且，事業單位同企業的會計核算基礎也不同。企業以權責發生制為基礎；而事業單位以收付實現制作為會計核算的基礎。另外，事業單位所依據的平衡式為：“資產+收入=負債+支出+凈資產”。收付實現制與該平衡式的運用，不僅混淆了時期和時點的會計信息，而且將單位的業務信息與財務信息混淆。同時，事業單位的財務報表中沒有現金流量表，其現金收支情況就無法查詢和準確反映。不僅對單位的貨幣資金管理不利，而且不利於管理者做出正確決策。
（四）財務管理觀念落後，內部控制意識淡薄
財務管理是每壹家單位需要高度重視的部分。過去大多數事業單位的經費主要來源於國家財政撥款，這樣的環境客觀上造成了壹些單位領導對財務管理工作的忽視。在資金使用方面極少考慮其效益，在重大經濟決策中沒有發揮財務管理的核算及監督職能。同時，壹些領導對內控的重要性認識不足，相關意識淡薄，在某些經濟業務方面缺乏良好的控制，存在控制不嚴、監管不力的現象。