專項基金是合作社通過國家直接補貼和他人捐贈形成的專項基金。
1.合作社利用國家財政直接補貼資金取得固定資產、農業資產和無形資產時，按照國家財政直接補貼資金的實際發生額，借記“專項應付款”科目，貸記本科目。
例5合作社用國家財政專項補助5萬元建設水果保鮮倉庫，共支出5萬元。該項目已通過驗收並交付使用。會計分錄如下:
借方:固定資產5萬
借款:在建工程50000元
借:專項應付款50，000。
貸款:專項資金5萬元
2.合作社實際收到他人捐贈的貨幣資金時，借記“庫存現金”、“銀行存款”科目，貸記本科目。
合作社收到了縣農業局幹部職工捐贈的8000元現金。會計分錄如下:
借:庫存現金8 000
貸款:專項基金8 000。
3.合作社收到他人捐贈的非貨幣資產時，按照所附發票記載的金額加上應繳納的相關稅費，借記“固定資產”、“產品材料”等科目，貸記本科目；如無隨附發票，應按批準的評估價值借記“固定資產”、“產品材料”等科目，貸記“固定資產”科目。
例7合作社收到王興集團捐贈的水果分離機，費用為12000元。會計分錄如下:
借:固定資產-水果分離機12 000
貸款:專項基金-捐贈基金12 000。