農業專項資金審計主要對農業系統(包括農業、畜牧、農墾、水產、農機、鄉鎮企業，下同)主管部門和有關單位管理使用的國家安排用於農業和農村經濟建設的專項撥款，科研、教育、推廣等各種專項資金和利用外資等進行監督。第三條 農業系統專項資金審計實行分級組織實施的辦法。國家安排由農業部管理的專項資金，由農業部統壹部署，審計署駐農業部審計局負責組織實施；國家安排由省級農業主管部門管理的專項資金，由省級農業主管部門統壹部署，審計機構具體組織實施；由地方政府財政計委等部門安排的專項資金，由地方政府農業主管部門統壹部署，省、地(市)、縣農業主管部門審計機構分別組織實施。
審計署駐農業部審計局負責組織、指導和監督農業部所屬系統專項資金審計工作。各省(區、市)及計劃單列市級農業主管部門的審計機構負責組織指導本系統、本行業專項資金審計工作。第四條 農業專項資金審計具有政府審計、內部審計雙重職能。省(區、市)各農業主管部門要根據農業部下達的審計任務，組織實施審計監督工作，同時可根據各部門的行業管理要求，安排農業專項資金審計工作。第五條 農業專項資金審計堅持突出重點和加大監督力度的原則，對資金數額大、使用涉及面寬的專項資金要列為監督重點，進行經常性審計；對領導與群眾關註、關系全行業發展的專項資金，要進行重點審計；對投資較多、工程規模較大、期限較長的重點建設項目資金，要加強監督和進行後續(跟蹤)審計。第六條 農業主管部門對農業專項資金審計要加強領導、督促和檢查工作，有關部門和單位要協同配合，人員組合符合審計工作需要。第七條 農業專項資金審計的主要內容。
(壹)國家計劃內投資、中央財政預算安排(包括主管部門)下撥的專項資金、地方財政配套資金是否按國家規定及時足額撥付到位。
(二)項目資金投向是否合理，資金使用是否合規合法、專款專用，有無擠占、挪用、截留、轉移、損失浪費等問題。
(三)建設項目計劃(協議)執行與完成情況，有無擅自變更項目計劃，有無超計劃、超標準、超面積、超預算、隨意搞計劃外工程等問題。
(四)專項資金使用單位財務管理和內控制度是否健全有效，會計核算是否規範，各項報表是否齊全、合規、真實、準確。
(五)農業專項資金使用的經濟效益、社會效益、生態效益情況。第八條 農業專項資金審計要統壹審計項目、統壹審計內容、統壹審計方法、統壹審計指標。審計方式壹般為就地審計。第九條 農業專項資金審計的主要程序。
(壹)全國農業系統的農業專項資金審計由審計署駐農業部審計局列入年度審計項目計劃，經審計署批準，農業部下達審計任務。地方農業主管部門根據農業部和上級主管部門下達的任務，擬定本部門專項資金審計工作計劃，制定工作方案，發出審計通知書，培訓審計人員，派出審計組，實施審計監督工作。
(二)聽取被審單位專項資金管理使用情況匯報，審查賬目、憑證、報表、實物，進行實地察看及進行必要的審計調查取證。
(三)被審單位要積極配合，提供所需的賬目、文件、資料，接受查詢和提供必要的工作條件。
(四)評價資金使用效益，對審計中發現的問題提出處理意見和改進建議。
(五)審計終結出具審計報告。審計報告內容應當真實、客觀、公正，全面反映專項資金到位情況、項目建設情況、資金使用效果和審計處理意見等，不得隱瞞或虛報。審計報告須征求被審單位意見。
農業部組織實施的專項資金審計，審計署駐農業部審計局根據需要進行抽審，在審計項目完成後根據各省、區、市農業主管部門上報的審計報告寫出綜合審計報告，報農業部領導審定後印發各省有關農業主管部門，並抄送國務院有關部門和省、區、市人民政府。地方農業主管部門組織實施的專項資金審計，由主管部門領導審批後下達審計意見書或審計決定，抄報本級人民政府、上級農業主管部門和同級審計機關。
(六)被審單位必須執行經批準的審計意見書和審計決定。對審計意見書或審計決定如有異議，可在10日內將其書面意見送交負責專項資金審計的主管部門，主管部門領導應及時進行處理，在規定時間內作出是否復審的決定。
(七)審計機構要對審計查出問題較多的單位，在下達審計意見書或審計決定後對其實施後續(跟蹤)審計，檢查采納審計意見和執行審計決定的情況，並將結果報本級人民政府、主管部門和審計機關。
(八)農業專項資金審計結束，對辦理的審計事項及時建立審計檔案，按照規定進行管理。