農村審計機構的審計業務受國家審計機關的指導。第五條縣級以上農村審計機構應當接受同級人民政府農村審計部門的領導和上級農村審計機構的指導。
縣級人民政府農村審計主管部門根據工作需要設立鄉(鎮)農村審計站，鄉(鎮)農村審計站在縣級農村審計機構的指導下，開展本地區的農村審計工作。第六條農村審計機構應配備專職審計人員。農村審計人員的資格認定和培訓考核由省人民政府農業農村主管部門制定並實施。
農村審計人員應持有審計證開展審計工作。農村審計證由省人民政府農業農村主管部門統壹發放。第七條農村審計機構和審計人員應當客觀公正，實事求是，廉潔奉公，保守秘密。第八條農村審計機構依法行使審計監督權。任何組織和個人不得拒絕、阻礙農村審計人員依法履行職責，不得打擊報復農村審計人員。
幹預農村審計活動的，農村審計人員應當如實記錄並登記備查。第九條對違反國家和省有關規定的農村集體經濟活動和增加農民負擔的有關事項，任何單位和個人都有權向農村審計機構舉報。農村審計機構接到舉報後，應當依法及時處理。第二章審計機關和審計範圍第十條農村審計機關對下列單位進行審計監督:
(壹)農村集體經濟組織，作為農村集體經濟組織的村民委員會、居民委員會(社區)、村民小組；
(二)農村集體經濟組織所屬企業；
(三)同壹個經濟聯合體經營的兩個以上農村集體經濟組織；
(四)農村集體資產全資或控股的合作社、協會等經濟組織。第十壹條農村審計機構應當對第十條第(壹)項所列單位的下列事項進行審計監督:
(壹)財務制度的制定和執行；
(二)合同的簽訂、履行和變更；
(三)會計憑證、會計賬簿和會計報表的完整、真實、合法；
(四)各種收入的管理和使用、收益分配；
(五)籌資籌勞的預算、決算、管理和使用情況；
(六)固定資產的購置、建造、管理、使用、變動和處置；
(七)農業資產、無形資產和長期投資的管理、使用和處置；
(八)建設資金的管理和使用；
(九)土地補償費的管理、使用、分配和留存；
(十)農村集體經濟活動中民主程序的執行情況；
(十壹)政府撥款、社會捐贈和扶貧資金、物資的管理和使用情況；
(十二)法律法規規定需要審計的其他事項。第十二條農村審計機構應當對第十條第(二)、(三)、(四)項所列單位的下列事項進行監督:
(壹)行業財務會計制度的執行情況，財務收支及相關經濟活動情況；
(二)主營業務調整、大額投資、固定資產購建、處置等重大事項的決策程序；
(三)按投資比例、投資合同或協議支付收益；
(四)政府撥款、社會捐贈和扶貧資金、物資的管理和使用情況；
(五)法律法規規定需要審計的其他事項。第十三條農村審計機構對涉及農民負擔的有關部門、單位和組織是否存在下列情形進行審計監督:
(壹)非法向農民、農村集體經濟組織、合作社、家庭農場等新型經營主體收取行政事業性收費、農業生產成本、集資和罰款的；
(二)將應當由政府承擔的農村公共基礎設施、公共服務收費和所需服務轉嫁給農民或者農村集體經濟組織的；
(三)在經營服務中強行收費、搭車收費和攤派項目配套資金、人員經費、捐贈；
(四)在實施補貼、補助、補償等惠農政策過程中，要求支付相關費用或者索要利益的；
(五)截留、挪用、扣壓相關費用和投放商品；
(六)其他增加農民負擔的情形。