單獨核算可以采用以下兩種方式實現
（1）在單位會計核算系統中單獨設置會計科目，對專項經費及自籌經費分別進行單獨核算。
（2）通過在會計核算系統或賬簿中，在相關會計科目下通過設置項目輔助核算、關鍵字段等方式，對項目專項經費和自籌經費分別單獨核算。
專項經費單獨核算是項目承擔單位加強專項經費管理，確保專項經費做到專款專用的最直接有力的手段，也是項目主管部門和各級監管機構履行監管責任的抓手，更是項目預算執行、結題財務驗收的基礎。明文規定的。
單位要重視單獨核算的要求，加強對科研項目管理政策的學習，構建內部科研、財務、資產等管理部門的協調工作機制，切實落實法人責任，確保科研專項經費使用的公開、透明，確保財政性資金發揮最大的效益。
擴展資料：
壹、專項資金實行“專人管理、專戶儲存、專賬核算、專項使用”。
二、資金的撥付本著專款專用的原則，嚴格執行項目資金批準的使用計劃和項目批復內容，不準擅自調項、擴項、縮項，更不準拆借、挪用、擠占和隨意扣壓；資金撥付動向，按不同專項資金的要求執行，不準任意改變；特殊情況，必須請示。
三、嚴格專項資金初審、審核、審核制度，不準缺項和越程序辦理手續，各類專項資金審批程序，以該專項資金審批表所列內容和文件要求為準。
四、專項資金報賬撥付要附真實、有效、合法的憑證。
五、加強審計監督，實行單項工程決算審計，整體項目驗收審計，年度資金收支審計。
六、對專項資金要定期或不定期進行督查，確保項目資金專款專用，要全程參與項目驗收和采購項目接交。
百度百科-專項資金