1，發票問題
問題:發票不是小事。無論是“股改”過程中發現的不合規發票的歷史遺留問題，還是上市後的發票問題，都有可能導致“行政處罰”甚至“刑事處罰”。尤其是“增值稅改革”後，增值稅專用發票引發的“犯罪風險”對公司高管和公司本身都有著不可估量的破壞力。
對策:加強內部發票的規範管理，特別是在開具和領取過程中，嚴格遵循發票管理的流程，註重“賬”“票”的壹致性。
2.盈余公積和未分配利潤轉增個人股東股本未繳納個人所得稅。
問:“股改”過程中，個人股東將累計盈余公積和未分配利潤轉為股本，未按規定繳納個人所得稅。
對策:根據稅法規定，這種情況應視為利潤分配，按20%的稅率繳納個人所得稅。
3.個人以非貨幣性資產投資的，不繳納個人所得稅。
問題:個人股東以無形資產等非貨幣資產投資入股，不繳納個人所得稅，且已按壹定年限攤銷無形資產。
對策:根據《關於個人以非貨幣性資產投資有關個人所得稅政策的通知》(財稅201541號)，個人以非貨幣性資產投資屬於同時轉讓非貨幣性資產和投資。個人轉讓非貨幣資產取得的收入，應按照“財產轉讓收入”項目核算和支付。個人以非貨幣性資產投資的，應當按照評估後的公允價值確認非貨幣性資產轉讓收入。非貨幣性資產轉讓收入扣除資產原值和合理稅費後的余額為應納稅所得額。
4.關聯交易定價不合理。
問題:有的企業利用關聯企業之間的“稅負差異”轉移利潤，達到降低稅負的目的；
對策:關聯交易應按照企業所得稅和特別納稅調整的規定進行報送和留存，以證明定價的合理性。
5.特殊稅收待遇尚未備案。
問題:企業在重組過程中，適用特殊稅務處理，但未按規定向主管機關備案。
對策:選擇特殊稅務處理應根據《關於企業改制業務企業所得稅處理若幹問題的通知》(財稅[2009]59號)第11條進行備案；企業重組各方需要稅務機關確認的，可以選擇由重組牽頭向稅務機關提出申請，報省級稅務機關確認；
6.契稅、營業稅和土地稅在整體改制中增加。
問題:企業在整體改制中，涉及大量資產轉讓，未按照稅法規定繳納相應的契稅、營業稅和土地增值稅。
對策:根據稅法規定，納稅人在資產重組過程中，以合並、分立、出售、置換等方式向其他單位和個人轉讓全部或者部分實物資產及其關聯的債權、債務和勞務，不屬於營業稅征收範圍，涉及的不動產和土地使用權轉讓不征收營業稅。根據《關於企業改制重組土地增值稅政策的通知》(財稅[2015]5號)，四種符合條件的情況暫不征收土地增值稅。
7.消除同行業競爭，不取消稅收。
問題:公司在新三板掛牌之前，為了消除同業競爭問題，註銷了部分項目公司，但沒有進行稅務註銷。
對策:企業要按照規定及時註銷稅務，然後依法註銷業務，消滅主體資格。
8.稅收遷移。
問題:企業為享受區域稅收優惠，實施了稅務搬遷，但企業法人營業執照、實際辦公地址和稅務登記證不壹致。
對策:企業要按照工商和稅務部門的要求，盡快實現營業執照和稅務登記的壹致。
9.稅收優惠的資格令人懷疑。
問題:獲得稅收優惠資格後(如高新技術企業等。)，管理不規範，未按要求提交相應備案材料。
對策:已取得稅收優惠資格的企業，如高新技術企業、雙軟企業等，在上市前，應符合國家相關法律、文件的要求，取得相應的批準並備案，確保稅收優惠資格的有效性。
10，有欠稅。
問題:上市前公司拖欠稅款。
對策:及時申報納稅是企業的義務。企業因特定原因不能及時納稅的，可以按規定申請延期納稅，否則將受到相應的行政處分，成為掛牌新三板的障礙。
11，有納稅行為。
問題:有的企業為了提高上市前的賬面利潤而增加利潤，以此來交稅，也因為會計錯誤而交稅。
對策:企業在掛牌前需要繳納大量的稅收，否則將構成掛牌新三板的障礙。對於會計差錯，不繳納少量稅款壹般不會影響新三板掛牌。
12，有偷稅漏稅。
問題:公司在過去的經營過程中存在逃稅行為。
對策:帶有主觀故意的逃稅行為會構成“新三板”審核中的實質性障礙，應予以避免。
13，因涉稅被稅務機關處罰。
問:該企業因違反相關稅法被稅務機關行政處罰。
對策:應判斷處罰是否構成重大違法違規行為，需要結合主觀方面和涉案金額進行判斷。律師出具法律意見書，稅務機關出具證明。
14，其他涉嫌重大稅收違法行為。
問:因其他涉稅事項受到稅務機關行政處罰的。
對策:需要根據具體情況做出是否構成重大違法違規的判斷，由律師出具法律意見書，稅務機關出具證明材料。
15，代他人持股的稅務問題
問:具體原因，公司代他人持股。
對策:在不構成經營障礙的前提下，實名登記制，擁有股份，應得到保障。客觀上需要代股東持股的，應當在代股東持股協議中明確雙方的權利義務，持有人應當照章納稅。
16，有稅務糾紛。
問:公司在上市過程中，與稅務部門發生稅務糾紛。
對策:與發達國家相比，我國稅收立法層次較低，上位法簡單包容，大量部門規章和內部規範性文件在稅收征管中發揮作用，導致稅務機關執法自由裁量權過大；另壹方面，在實踐中，壹些違背稅法原則、侵害納稅人合法權益的案件時有發生。如果企業的合法權益確實受到侵害，可以尋求專業稅務律師的幫助，通過專業的稅法分析和有效的溝通來解決糾紛。