註冊會計師審計與政府審計共同發揮作用，是國家維護市場經濟秩序、加強經濟監督的有利手段。兩者都是國家治理體系和治理能力現代化的重要方面(選項D是正確的)，但也有以下區別:(1)審計的目的和對象不同。(2)審計標準不同。政府審計的依據是《中華人民共和國審計法》和國家審計署制定的國家審計準則。註冊會計師審計的依據是《中華人民共和國註冊會計師法》和財政部批準的《註冊會計師審計準則》(選項C錯誤)。(3)不同的資金或收入來源。(4)取證權限不同(選項A錯誤)。(5)對發現的問題采取不同的處理方式。審計機關可以在其職權範圍內，對違反國家規定的財政收支、財務收支，向有關主管機關作出審計決定或者提出處理、處罰意見。註冊會計師只能要求企業調整相關數據或披露審計過程中發現的問題，不存在行政強制(選項B錯誤)。