1，納稅人和扣繳義務人不同；納稅人的會計核算是否健全，能否提供準確的納稅信息及其經營規模的大小，將增值稅納稅人分為壹般納稅人和小規模納稅人。與增值稅相比，土地增值稅不分壹般納稅人和小規模納稅人，沒有法定扣繳義務人；
2.征稅範圍不同；增值稅征稅範圍包括貨物的生產、批發、零售和進口。此外，加工、修理和更換服務也屬於增值稅的範圍。土地增值稅的征稅對象是房地產產權有償轉讓取得的增值額；
3.稅率不同；
4.扣除項目和計稅方法不同；增值稅的應納稅額為當期銷項稅額減去當期進項稅額後的余額，實行扣稅制度。同時規定，抵扣進項稅額僅限於從銷售方取得的增值稅專用發票和從海關取得的完稅證明上註明的增值稅。購買免稅農產品可抵扣的進項稅額，按照買價和規定的抵扣率計算；土地增值稅是根據轉讓房地產取得的全部收入和扣除項目金額計算增值額，然後計算增值額占扣除項目金額的比例，即增值率，再根據增值率對照適用稅率計算應納稅額；
5.不同的征管機關；增值稅由國家稅務機關征收管理。土地增值稅由地方稅務機關征收管理；
6.納稅地點不同；增值稅繳納地點:固定業戶應向其機構所在地主管稅務機關申報納稅。非固定業戶銷售貨物或者應稅勞務，應當向銷售地主管稅務機關申報納稅。進口貨物，進口商或其代理人應向申報地海關申報納稅。土地增值稅納稅人應向不動產所在地主管稅務機關申報納稅。
7.納稅期限不同；增值稅的納稅期限分別為1、3、5、10、15或1個月。納稅人的具體納稅期限，由主管稅務機關根據納稅人應納稅額確定；不能按固定期限繳納稅款的，可以按時間繳納稅款。1月納稅的納稅人，自期滿之日起10日內申報納稅；1為1、3、5、10或15的日期的，自期滿之日起5日內預繳稅款，次月1起10日內申報納稅。納稅義務人進口貨物，應當自海關填發完稅證明的次日起7日內繳納稅款。
土地增值稅的納稅期限是納稅人自房地產轉讓合同簽訂之日起7日內向當地主管稅務機關辦理納稅申報，在稅務機關批準的期限內繳納土地增值稅。
8.關於減免稅的規定不同；增值稅的減免稅，除了免稅項目，國家還根據不同時期的具體情況，制定了許多增值稅的稅收優惠政策。
法律依據:《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》第三十四條。
境外單位或者個人在境內銷售應稅服務，在境內未設立經營機構的，其代理人為應納稅款的扣繳義務人；沒有代理人的，以買方為扣繳義務人。