主要區別是包括三方面：初始計量，對價差異的處理，以及商譽三方面。
1、初始計量的區別
同壹控制下企業合並方應以合並日應享有被合並方賬面所有者權益的份額作為初始投資成本。
非同壹控制下企業合並應以購買方付出的資產、發生或承擔的負債、發行的權益性證券的公允價值之和為初始投資成本。
2、對價差異的處理
同壹控制下企業合並在確認了合並中取得的被合並方的資產和負債後，以發行權益性證券方式進行的該類合並所確認的凈資產入賬價值與發行股份面值總額的差額，應計入資本公積(資本溢價或股本溢價)。資本公積(資本溢價或股本溢價)余額不足沖減的，相應沖減盈余公積和未分配利潤；
以支付現金、非現金資產方式進行的該類合並所確認的凈資產入賬價值與支付的現金、非現金資產賬面價值的差額，相應調整資本公積(資本溢價或股本溢價)，資本公積(資本溢價或股本溢價)余額不足沖減的，應沖減盈余公積和未分配利潤。
非同壹控制下企業合並取得的資產、負債按公允價值計量;作為合並對價的非貨幣性資產在購買日公允價值與賬面價值的差額計入當期損益。
3、商譽
同壹控制下企業合並，不會產生商譽。
非同壹控制下企業合並可能會產生商譽，合並成本大於可辨認凈資產公允價值的差額確認為商譽，合並成本小於可辨認凈資產公允價值的差額作為合並當期損益計入利潤表。
參考資料：
企業合並可以分為同壹控制下企業合並與非同壹控制下企業合並，而同壹控制下的企業合並實質上是同壹集團下企業財產與資源的重新分配。
對於同壹控制下的企業合並，在合並中不涉及自少數股東手中購買股權的情況下，合並方應遵循以下原則進行相關的處理：
(1)合並方在合並中確認取得的被合並方的資產和負債僅限於被合並方賬面上原已確認的資產和負債，合並中不產生新的資產和負債。
(2)合並方在合並中取得的被合並方各項資產和負債應維持其在被合並方的原賬面價值不變。
(3)合並方在合並中取得的凈資產的入賬價值相對於為進行企業合並支付的對價賬面價值之間的差額，不作為資產的處置損益，不影響企業合並當期的利潤表，有關差額應調整所有者權益相關項目。
(4)對於同壹控制下的控股合並，應視同合並後形成的報告主體自最終控制方開始實施控制時壹直是壹體化存續下來的，體現在其合並財務報表上，即由合並後形成的母子公司構成的報告主體，無論是其資產規模還是其經營成果都應持續計算。
對於同壹控制下的控股合並，在合並當期編制合並財務報表時，應當對合並資產負債表的期初數進行調整，同時應當對比較報表的相關項目進行調整，視同合並後的報告主體在以前期間壹直存在。
百度百科-同壹控制下企業合並
百度百科-非同壹控制下企業合並