歷經18年的註冊會計師考試利弊各有，為此2008年8月26日印發了《註冊會計師考試制度改革工作方案[征求意見稿]》的通知，2008年11月27日印發了《註冊會計師考試制度改革工作方案（第二次征求意見稿）》，計劃對註冊會計師考試進行改革，改革的主要內容是考試實行”6+1”制度，考試分專業階段和綜合階段，專業階段考試科目在原有考試科目會計、審計、財務成本管理、經濟法、稅法基礎上增加公司戰略與風險管理（新增科目）***6門考試科目，綜合階段考試科目根據《中國註冊會計師勝任能力指南》要求進行考核。
2009年1月15日，中註協發布《註冊會計師考試制度改革方案》。（下面是這次改革的全部內容）
為了做好中國註冊會計師考試制度改革工作，加快行業人才培養，實現行業人才國際化，推動實現中國註冊會計師行業發展戰略目標，提出如下改革方案：
考試制度改革內容
註冊會計師考試制度包括報名條件、考試階段、科目設置、實務經歷要求等基本制度，考試命題、考試評卷、考試合格標準等考試質量保證制度，以及考試組織、考場設置、考試紀律等考試組織管理制度。這次改革主要涉及註冊會計師考試基本制度。主要內容如下：
考試階段
將註冊會計師考試劃分為兩個階段
第壹階段，即專業階段，主要測試考生是否具備註冊會計師執業所需的專業知識，是否掌握基本技能和職業道德要求。
第二階段，即綜合階段，主要測試考生是否具備在註冊會計師執業環境中運用專業知識，保持職業價值觀、職業態度與職業道德，有效解決實務問題的能力。
考生在通過第壹階段的全部考試科目後，才能參加第二階段的考試。兩個階段的考試，每年各舉行1次。
基於第二階段的考試側重於考查考生的勝任能力，建議考生在參加第二階段考試前註意積累必要的實務經驗。
調整成績有效期
第壹階段的單科合格成績5年有效。對在連續5年內取得第壹階段6個科目合格成績的考生，發放專業階段合格證。
第二階段考試科目應在取得專業階段合格證後完成。對取得第二階段考試合格成績的考生，發放全科合格證。
新的考試制度與現行考試制度的銜接
新的考試制度於2009年開始實施。現行考試制度在2009年仍繼續實施壹年。
2009年，具有現行考試制度下有效期內任壹考試科目合格成績的考生，可以選擇按新的考試制度或現行考試制度報名參加考試。
按新的考試制度報名參加考試的，其至2009年尚在有效期內的單科合格成績轉換為新的考試制度下有關科目的合格成績。
按現行考試制度報名參加考試，取得全部5個科目合格成績的，發放全科合格證；未取得全部5個科目合格成績的，其至2010年尚在有效期內的單科合格成績轉換為新的考試制度下有關科目的合格成績。
單科合格成績的轉換方式是，現行考試制度下單科合格成績自動轉換為新的考試制度下同名科目的合格成績。其中，現行考試制度下財務成本管理科目的合格成績，轉換為新的考試制度下的財務成本管理和公司戰略與風險管理2個科目的合格成績。新的考試制度下，以轉換方式取得的單科合格成績有效期限統壹至2013年。
其他考生從2009年起均按新的考試制度報名參加考試。