壹、整體角度不同：
“財務報表層次”可以理解為財務報表的整體角度。“認定層次”可以理解為財務報表的具體認定，例如交易和事項、期末余額以及列報。不同的具體認定就構成了財務報表的整體層次。
二、描述的對象不同：
財務報表層次是從財務報表整體來說的，不能歸為某個具體的認定，而認定層次是針對某個具體的項目來說的，比如存貨等。
三、錯報風險認定不同：
財務報表層次重大錯報風險與財務報表整體存在廣泛聯系，它可能影響多項認定。此類風險通常與控制環境有關，如管理層缺乏誠信、治理層形同虛設而不能對管理層進行有效監督等。
但也可能與其他因素有關，如經濟蕭條、企業所處行業處於衰退期。
在財務報表重大錯報風險的評估過程中，註冊會計師應當確定，識別的重大錯報風險是與特定的某類交易、賬戶余額、列報的認定相關，還是與財務報表整體廣泛相關，進而影響多項認定。
如果是後者，則屬於報表層次的重大錯報風險。如果是前者，則屬於認定層次重大錯報風險。
百度百科-針對評估的重大錯報風險實施的程序
百度百科-重大錯報風險