與原制度相比，新制度主要呈現出三大亮點。
第壹個亮點
既核算全部的財政預算收支，又核算政府財政的資產、負債;既規定了原制度沒有的國債預算收支核算，也增加了很多過去沒有的債權債務核算，重新定位了總預算會計核算目標，不僅準確反映政府財政收支情況，而且反映重大財政經濟政策的實施情況，為分析政策的實施效果提供了基礎性保障。
《制度》改進了會計核算基礎，總預算會計的會計核算壹般采用收付實現制，部分經濟業務或者事項按照規定采用權責發生制核算。《制度》改進了會計核算方法，通過采用“雙分錄”會計核算方法，不僅反映預算收支的發生，而且反映資產負債的變化。在核算預算收支的同時，也核算反映與預算收支變動密切相關的資產負債情況，而且對政府股權、債權資產、政府負債進行了核算，還能使應付利息和應收利息也得到確認。
第二個亮點
全面優化報表體系，編制資產負債表、收入支出表等7張會計報表及報表附註。
其中，資產負債表將資產和負債按照流動和非流動進行分類反映，涵蓋全部財政資金收支的收入支出表，按照每種財政資金的不同屬性分別反映，不能在會計報表中直接反映的政府財政財務情況如或有負債等，需要在會計報表附註中進行說明。特別是資產負債表反映的信息更加豐滿，不再局限於貨幣資金、往來款項等流動負債信息，增加了股權投資、政府債券、主權外債等信息的反映。這樣壹來，既可以看到財政部門對外部的實際資金流入、流出，又可以看到財政部門內部各項資金之間轉移產生的某種資金的收入、支出，還可以看到按照權責發生制列支的資金實際尚未流出財政部門的部分，能更好地滿足社會各界對財政信息公開的需求，有效提高政府透明度。
第三個亮點
註重與預算管理制度改革相銜接，充分體現改革對財政總預算會計核算的要求。
隨著預算管理制度改革的進壹步加大，尤其是全國實施新預算法，財政預算管理不斷推出新舉措，不斷完善政府預算體系，新制度堅持財政改革發展方向，堅持繼承和發展相結合，堅持統壹性與靈活性相結合，既保留原制度的連續性和穩定性，又考慮不同級次財政業務特點和需求，科學合理設置會計科目和會計報表。《制度》的壹個重要功能就是通過科學設置會計科目和報表體系，將預算管理制度改革的成果全面、完整、準確地通過會計記錄予以反映，重要目標就是為權責發生制政府綜合財務報告提供基礎性制度保障，充分體現了改革對財政總預算會計核算的要求，有利於保障預算管理制度改革順利推進。