(壹)購買藥品、儲存藥品
藥品采購後，驗收入庫後，保管人應將發票和收據壹起交會計復核，核實計算無誤。周期為上月盤點日至本月盤點日，西藥、中成藥、中藥材按供應商分類匯總，填寫藥品匯總表:
借:藥品-藥房裏的藥品
貸款:應付賬款-壹家制藥公司
貸款:藥品買賣的差價
付款時，會計應正確核對發票和收據文件:
借方:應付賬款——某制藥公司
貸款:銀行存款
(2)藥物輸送
保管會將每個周期的出庫單提交給會計審核，核算無誤。根據不同的藥品進行匯總，填寫藥品出庫匯總表。
(三)月末結轉銷售藥品成本
會計根據專人對藥品銷售的統計，計算綜合差價率和結轉藥品銷售成本。
藥品綜合差價率=(藥品差價期初余額+本期藥品差價貸方金額)/(藥品期初余額+本期藥品借方金額)×100%。
藥品銷售成本=當期藥品銷售額×(1-綜合差價率)
借:藥品成本-商品和服務支出-特殊材料
借:藥品購銷之間的差價
貸款:藥品-藥房中的藥品
醫藥公司營業費用相關會計科目的設置
醫藥企業營業費用二級科目壹般包括以下五個方面:
1.產品自銷費用:包括企業應負擔的包裝費、運輸費、裝卸費、保險費。
2.產品推廣費用:為擴大企業產品銷售而發生的推廣費用:展覽費、廣告費、經營租賃費(為擴大銷售而租用的櫃臺和設備的費用，不包括融資租賃費)和銷售服務費(提供售後服務的費用等。).
3.銷售部門費用:壹般指為銷售本企業商品而專門設立的銷售機構(包括銷售網點和售後服務網點)的職工工資及福利費、類似於工資的費用、業務費和其他營業費用。但企業內部銷售部門屬於行政部門，發生的費用不計入營業費用，而計入管理費用。
4.代銷費:主要指企業按照代銷合同的規定支付的傭金費用。
5.商品流通企業采購費用:指運輸費、裝卸費、包裝費、保險費、運輸途中的合理損耗和入庫前的分揀費等。