公司填寫的納稅申報表及附表應與公司的年度利潤、總分類賬和明細分類賬進行核對，賬表是否壹致。重點審核公司年度納稅申報表主表中的“納稅調整事項統計表”，對涉及的會計分錄進行逐壹審核，最終形成審核底稿。
與委托方就審計結果交換意見，並根據交換意見的結果決定出具何種報告，是年度所得稅匯算清繳鑒證報告還是咨詢報告。如果是認證報告，則報告類型為:不合格意見認證報告、合格意見認證報告、拒絕意見認證報告、無法表達意見認證報告。
稅收征管法的規定
根據稅收征管法，納稅人、扣繳義務人未按期辦理納稅申報或者報送代扣代繳、代收代繳稅款報告表的，經稅務機關批準，可以延期辦理納稅申報。
《稅收征收管理法實施細則》進壹步規定，納稅人、扣繳義務人在規定期限內辦理納稅申報或者報送代扣代繳、代收代繳稅款報告表確有困難，需要延期的，應當在規定期限內向稅務機關提出書面申請，經稅務機關批準，並在批準的期限內補正。
納稅人、扣繳義務人因不可抗力不能按期辦理納稅申報或者報送代扣代繳、代收代繳稅款報告表的，可以延期辦理；但應當在不可抗力情形消除後立即向稅務機關報告。稅務機關應當查明事實，予以批準。