山東交通學院長清校區包括土木工程學院，信息科學與電氣工程學院，財經學院，管理學院，外國語學院，文法學院，理學院，北方國際學院，水上專業新生部等。 土木工程學院始建於1958年，現有在校學生2900余人。設有土木工程、港口航道與海岸工程、工程管理、測繪工程、地理信息系統、材料科學與工程、地下空間工程7個本科專業和道路橋梁工程技術1個專科專業。土木工程專業為山東省特色專業，道路與鐵道工程學科為山東省重點學科。
學院師資力量雄厚，教學經驗豐富，教學質量優秀。全系設有“橋梁結構、道路工程、測繪工程、地理信息、工程管理、實驗檢測、巖土工程、港航工程、材料科學”9個教研室，***有教師103人，其中，國家工程院院士1人，教授8人，工程研究員2人，副教授25人，具有博士學位的31人。另外，還有來自生產單位和國內外高校的外聘教授10人。該系教師不僅具有較強的理論基礎和科研能力，而且具有較強的工程實際經驗，已形成了壹支“雙師型”教師隊伍。“交通土建教學隊伍”被評為山東省“省級優秀教學團隊”。
土木工程實驗中心具有交通部乙級資質，為“山東省普通高校實驗教學示範中心”。中心設有建材、土工、路面、橋梁、測量等18個實驗室，使用面積達9000平方米，設備總值3000余萬元，擁有國內外先進的儀器和設備，其中我校自主研發的路面加速加載設備及試驗技術已達到國際先進國內領先進的水平。路面結構實驗室、橋梁檢測與加固實驗室、港口航道實驗室已被教育部評為“行業特色實驗室”。
該系設有公路環境與工程實驗研究中心，路橋設計研究院、交通材料研究所、巖土與基礎工程研究所、橋梁檢測與加固研究所，為科研和社會服務提供了良好的基地。該系還與山東省路橋集團有限公司、山東省交通規劃設計院、山東省交通科研所、各地市公路局等建設單位建立了“產、學、研”合作基地，為教學和科研提供了有力保障。
經過幾十年的專業學科建設，該系取得了豐碩的成果。全系教師在國家和省級各個種刊物上發表學術論文400余篇；主編出版教材15本；省級“精品課程”1門、校級5門；完成省、部級的重要科研項目10余項。獲得省部級教科研成果獎6項。 先後參與了山東省多條高等級公路的設計或監理，完成了多條公路試驗項目和多座橋梁的試驗與檢測任務，完成了多個市縣公路網規劃。
學院的人才培養方針是“立足交通，服務社會”。學生畢業後，主要去交通、公路、市政、建築、水利、鐵路等部門從事規劃、設計、施工、監理、養護、管理等工作。由於該系的人才培養方案特色鮮明，教學質量優秀，近幾年每年都有30%以上的畢業生參加研究生考試，錄取率達到50%以上，畢業生就業率位於全校前列。 信息科學與電氣工程學院成立於1995年，設有計算機科學與技術、電氣工程及其自動化、電子信息工程、自動化、信息管理與信息系統5個本科專業，設有計算機基礎教研室、計算機軟件教研室、計算機應用教研室、電氣工程及自動化教研室、電子信息工程教研室、自動化教研室、計算中心、電工電子實驗中心，是山東省計算機協會的理事單位、山東省自動化協會的理事單位，中國嵌入式系統智能交通工程中心掛靠點。
學院師資力量雄厚，結構合理，現有教師70名，有教授、副教授20名，高級工程師3名，講師21 名，實驗師3名，80%以上的教師擁有碩士、博士學位。在校學生1500人，十年來***培養畢業生3000人。
學院師資有較強的科研實力和良好的基礎，擁有壹批學術造詣較深、且在計算機工業控制、調速、電力系統自動化等領域內有壹定影響的學術骨幹。近幾年來，先後承擔、完成省、部級科研項目4項，重大橫向科研課題“山東省高速公路監控及誘導系統” “交通物流管理信息系統”等5個，完成省級教研教改課題“應用型本科實踐性環節的二元制研究”，發表學術論文230余篇，出版教材20多本。其中，山東省交通系統衛星地面站的研究、汽車質量軸載儀等獲省部級科技進步獎。電工電子實驗中心被列為中央與地方***建的實驗室，評為"山東省高校省級壹類實驗室"、"山東交通學院先進實驗室"、國家嵌入式系統工程中心。該系負責建設的“交通信息工程及控制”被列為校級重點學科。
學院已與國內外多所知名高校、研究機構和企業開展了廣泛的學術交流與合作，與丹麥奧胡斯大學學院、瑞典布羅期大學學院、美國哈特福德大學互派留學生，並聘請了日本大阪產業大學、奧胡斯大學學院的多名專家、教授為該系的客座教授，長年給學生直接上課。該系“面向應用、面向企業、面向外包、面向世界”，適時調整、修改教學計劃，提高教學質量，在對日軟件外包人才、船舶電氣工程及自動化人才的培養方面走在山東省高校的前列，其本科人才培養模式受到山東省王軍民副省長的表揚與推廣，被國家商務部網站列為服務外包培訓基地、濟南市服務外包培訓基地。
學院還十分重視學生個性培養，素質培養活動十分活躍，教學質量不斷提高， 2002年以來在各類大學生比賽中榮獲壹、二、三等獎，2007年學生在全國電子設計大賽中榮獲全國決賽壹等獎，畢業生提前壹年被預定，甚至被日本國內企業招聘到日本工作，學生整體就業率達到80%以上。 管理學院建於1984年，現有教職工42人，其中教授5人，副教授 10人；教師中具有博士學位4人，博士在讀4人，碩士31人。獲得省部級優秀教師1人，享受國務院政府特殊津貼1人。另外還有國內外外聘兼職教授6人。近3年先後有12位教師出國進修學習和參加國際學術會議。
在20多年的辦學過程中，管理系先後開設過秘書、行政管理、人事管理、後勤管理、旅遊管理、市場營銷等專業，為交通行業和社會培養畢業生6000余人。現設有市場營銷、公***事業管理、會展經濟與管理、行政管理、旅遊管理等5個本專科專業，在校學生1200余人。
管理學院現設有五個教研室（市場營銷教研室、公***事業管理教研室、會展與旅遊管理教研室、行政管理教研室和基礎管理教研室），四個實訓室（辦公技術實訓室、營銷管理模擬實訓室、旅遊管理實訓室和公***事業管理實訓室）。為了加強學生實習就業工作，還分別在山東藍海集團、華獅集團、迪沙藥業以及山東各地市交運集團和北京、上海、廣州、深圳、大連、青島、威海等地建立了實習就業基地。同時自2002年與新加坡有關公司合作建立實習就業基地以來，每年都派出20名左右的學生赴新加坡實習與就業。
該學院在教學科研方面也取得了豐碩的成果。近五年先後承擔完成省部級科研項目5項，山東省教育廳、交通廳和文化廳科研課題16項以及校級教研科研項目20多項。發表論文126篇，其中核心期刊和CSSCI論文98篇。編著出版專著教材16部（其中國家級十五規劃教材1部）。先後獲得山東省軟科學成果獎3項、山東省文化藝術科研成果獎6項、山東省省級優秀教學成果獎2項、山東省高等學校優秀教材壹等獎1項、學校教育研究優秀成果等獎6項。
該學院遵循“剛健篤實，通權達變”的系訓，在多年的辦學過程中不斷深化“教學六化改革”和學生的“4+X”核心能力培養，形成了“寬口徑、厚基礎、強素質、重能力”為主的辦學特色，學生的能力培養和教學質量不斷提高，在近三年的學生就業方面走在了全省同類專業的前列。
2011年，市場營銷專業、公***事業管理專業、會展經濟與管理專業、行政管理專業按照管理類招生，學生入學壹年後進行專業分流。 財經學院於1999年11月開始籌建，2000年初成立，經過多年的建設發展，在教學、科研、管理等方面取得了較大的成績，現開辦金融學、財務管理、電子商務、審計學四個本科專業。
該學院重視師資隊伍建設，現有教職工40多名，其中具有副教授以上職稱教師10名，博士3名，碩士25名，另有3人具有中國註冊會計師資格，1人具有國際註冊內部審計資格，1人具有律師資格，已形成了壹支能力強、業務精，可以滿足教學、科研需要的師資隊伍。此外，還從校外聘任10多名著名學者教授專家擔任兼職教授、客座教授。
該學院認真落實教學的中心地位，按照“素能本位”要求，嚴格教學管理，大力開展以教學內容、教學方法、教學手段為重點的教學研究和教學改革活動。先後完成了“財會專業案例教學研究” 、“我院應用性金融人才培養的特色與途徑研究” 、“優秀傳統文化驅動型德育模式研究” 、“管理會計課程內容體系與教材建設研究” 等10多項教研教改課題並有多門課程被評為省級和校級精品課程。
為了提高教師科研水平，鼓勵教師積極開展科研活動，該學院在成立之初便制訂了相關文件，鼓勵教師申報科研課題，並以制度形式規定每年舉辦壹次論文交流會活動。同時，本著“立足交通，面向社會”的原則，成立了相關的研究機構，開展會計、財務、金融、電子商務等方面的研究和咨詢培訓工作。自該系成立以來，先後承擔了“交通高等教育投資效益研究”、“公路建設債務負擔合理額度研究”、“交通基礎設施建設項目審計研究”、“智力資本審計研究”、“價值鏈管理與價值鏈管理會計”、“物流企業戰略成本管理研究” 等10余項省部級及校級課題研究，並獲得多項獎勵，其中“交通高等教育投資效益研究”獲全國教育科學優秀成果二等獎。另外，全系教師還先後在各種省級以上學術期刊發表經濟管理類論文200余篇，並有多篇被中國人民大學書報資料中心等全文轉載或索引；出版《金融學》、《管理會計》、《財務管理》等教材10余部。
為培養適應市場經濟需要的應用型專門人才的需要，該學院高度重視實驗室和實踐教學基地建設，努力完善實驗實習條件。該系現已建成會計綜合實驗室、金融實驗室和電子商務實驗室，並在青島路橋建設集團有限公司、中國重型汽車集團有限公司等十幾家大中型企業建立了校外實習基地或產學研合作教育基地，為培養高素質的應用型專業人才奠定了堅實基礎。
經過多年努力，該學院形成了鮮明的辦學特色，培養的學生具有基礎理論紮實、實踐能力突出、工作作風穩健的特點，深受社會用人單位歡迎。 文法學院於2001年6月組建而成，設有法律、（交通）環境藝術設計、工業設計、視覺傳達設計、大學語文、馬列、思政七個教研室，以及WTO與交通發展研究中心、法律援助中心，環境景觀設計研究所等研究機構。開設有法學、藝術設計、工業設計三個本科專業。
學院***有專職教師53人，正高級職稱3人，副高級職稱12人，講師36人，初級職稱2人。其中碩士以上45人、博士學位9人。有4人具有律師職業資格，1人具有仲裁員資格。學院辦學的基本定位是：以兩課教學和法學、藝術設計、工業設計本科專業建設為基礎和主體，以重點學科和學士學位點建設為向導，四位壹體，相互促進；凝聚全院力量，整合學術群體，提高師資水平，使學校哲學社會科學的教學與研究有新的突破，使法學、藝術設計、工業設計專業教學與研究邁上壹個新臺階，努力創造學校人文社會科學研究新特色。 航海技術專業、輪機工程技術專業二個二類本科專業大壹新生在長清校區學習壹年，後三年轉到山東交通學院威海校區學習。
海運學院位於威海市環翠區新威路115號，占地面積76畝，教職工160人。現開設航海技術、輪機工程本科專業，航海技術、輪機工程技術專科專業。在校生1900人。
學院辦學條件優越，擁有先進的各類實驗設施和設備，建有國內領先水平的大型航海模擬器、輪機模擬器實驗室、ARPA雷達模擬訓練系統、GMDSS實驗室及操作系統等三十多個各類專業實驗室。通過校企聯合辦學，學院在威海船廠、威海港務局設立實習基地和基本技能水上訓練站，以提高學生的實操技能和綜合動手能力。
學院現具備熟悉和基本安全培訓、精通救生艇筏和救助艇培訓、高級消防培訓、精通急救培訓、雷達觀測與模擬培訓、自動雷達標繪儀培訓、GMDSS通用操作員培訓等十余個培訓資格。現為山東省海員培訓中心。2003年學院獲得甲類適任證書評估考試資格。自2005年起，學院組織並參加了全國海船船員甲類適任證書統壹考試，在統考七門的全國航海類院校中，航海技術和輪機工程兩個專業壹次性通過率連續四年名列第壹，為社會培養高級遠洋船員鋪設了堅實的基礎。
學院現向社會開展船長、大副、輪機長、大管輪、三副、三管輪級別，社會丙類、丁類職務船員及小型船船員的評估考試工作。
學院堅持“以市場需求為導向，以服務社會為宗旨”，多層次多渠道地為社會培養輸送了兩萬余名支持級、操作級船員及海運技術骨幹、管理骨幹，畢業生就業率達100%。在09年學院組織的供需見面會上，來自省內及全國各地的用人單位70家，畢業生與用人單位供需比例達到1：3。畢業生供不應求，就業形勢喜人。