會計憑證壹般不作為納稅人的財物被扣押，但可作為證據被行政機關登記保存。
行政處罰法規定：行政機關在收集證據時，可以采取抽樣取證的方法；在證據可能滅失或者以後難以取得的情況下，經行政機關負責人批準，可以先行登記保存，並應當在七日內及時作出處理決定，在此期間，當事人或者有關人員不得銷毀或者轉移證據。
您所稱的會計憑證被“扣押”，可行屬於上述證據登記保存情形。
會計憑證被稅務機關等行政機關依法調取檢查比較常見。
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