由於支付對價導致原非流通股股東和原流通股股東在上市公司中的持股比例發生變化，存在權衡關系，導致會計核算中權益法和成本法發生變化，合並會計報表範圍發生變化。
根據我國《合並會計報表和企業會計準則——投資暫行規定》，被投資企業是否納入投資企業合並會計報表主要取決於投資企業能否控制被投資企業，而是否采用權益法核算主要取決於投資企業能否對被投資企業施加重大影響。
(2)認真貫徹明確性和重要性原則。
支付的對價是股權分置改革的產物，將對會計主體產生長期而重大的影響，因此要求會計記錄準確、清晰，便於理解和使用。
支付對價是股權分置改革中的壹項經濟業務。
非流通股股東支付的對價是送股、縮股、支付現金、認股權證等。，並獲得壹種流通權。
股權分置改革方案實施日，將確認支付對價並進行相關會計處理。
其中，股權分置改革方案實施日，權證只確認實際金額，其余損失在行權日確認。
采用權責發生制原則和歷史成本原則計量。
支付對價的具體表現:①送(縮)股，以送(縮)股投資成本(股數×每股成本)之和加上按此比例應核銷的損益調整、股權投資差額和股權投資準備計量；(2)支付當期實際發生額的計量；(三)認股權證應當以申請發行的實際費用加上行權日行權價的損失和當日收盤價計量。
根據《企業會計制度》的規定，在權益法下，長期股權投資分為投資成本、損益調整、股權投資準備和股權投資余額四個明細科目。
支付對價不屬於損益調整和股權投資準備的性質。
在權益法下，投資成本被定義為投資企業取得投資的初始成本，這也是不適合會計考慮的。
經過權衡，可以看出，將支付對價作為額外投資成本計入股權投資差額較為合適。
《企業會計制度》列舉了股權投資差異的三種情況。雖然沒有考慮股權分置改革，但已經表明，股權投資差額的目的是在權益法下記錄長期股權投資的賬面價值與被投資單位過去所有股份的差額。
支付的對價可視為該差額，在“股權投資差額”科目核算。
雖然在“股權投資差額”明細科目中計算支付的對價是合理的，但也有不足之處。
如果將支付對價與原股權投資差額混為壹談，後期不方便調整，影響會計分析和評價，也不符合清晰性和重要性原則。
筆者認為應設立“長期股權投資——支付對價”科目，核算股權分置改革中的經濟事項調整。
股權分置改革方案實施時，我們可以借:長期股權投資——支付對價；貸:現金(或銀行存款)，長期股權投資-投資成本，-股權投資差額，-損益調整，-股權投資準備。
會計期末調整時，借記“長期股權投資——支付對價”科目的余額，表示待轉讓的對價。
(1)違約金的概念使得議價費的支付。
非流通股股東向流通股股東支付違約金，具有彌補流通股股東損失的性質。
我國《企業會計制度》規定，企業因違約而向對方支付的違約金，作為營業外支出列支。
這顯然形成了壹項費用，並反映在損益表中。
會計分錄是借記“營業外支出”，貸記“長期股權投資——支付對價”。
違約賠償的概念在實踐中很難操作。
首先是補償對象的認定。有壹個問題，是補償購買新股的股東，還是補償從二級市場購買股票的投資者。
其次是賠償金額的確定，存在壹個是賠償投資者股票下跌造成的全部損失還是扣除系統性風險的問題。
再次，支付對價的費用性直接影響大股東的業績和考核指標，也與股票的再融資和特殊處理等問題有關。
這違背了支付對價的初衷，容易對股權分置改革形成阻力。
(2)流通權概念將支付的對價資本化。
支付對價取得流通權符合會計資本支出條件。
首先，支付對價符合資產的定義，流通權具有帶來未來經濟利益(未來現金凈流入)的能力。
股權分置改革以對價的形式認可了流通權的價值。
其次，支付對價可以用貨幣計量，無論何種形式的對價(股份、現金或認股權證)都有明確的金額或可量化的條件。
第三，支付對價“資產”在經濟後果上比支付違約金“費用”更容易被接受。
特別是，資本化解決了國有資產單位出於資產保值增值的考慮，對股權分置改革熱情不高的實際問題，也可以防止對其他非流通股股東(包括上市公司)的業績產生不利影響。
最後，符合長期資產的時間要求，雖然非流通股在股權分置改革方案實施日取得了流通權，但股權分置改革的本質是解決制度缺陷問題，而不是減持股份，其投資目的仍然是長期持有。
很多公司都做出了配合對價方案穩定股價的承諾，比如增持、降低底價、回購計劃、鎖定流通期等。
因此，流通權具有資本化的條件。
從會計要素的具體分類項目來看，流通權符合無形資產的定義和特征。
以“成本比率”代替“資產攤銷”
筆者認為，非流通股為實現同股同權而支付的對價，是壹種依附於流通股的權利，不會隨著時間的推移而喪失，只會通過實現流通(或減持)來實現。
因此，支付對價形成的長期投資不應分期攤銷。
期末非流通股原股東結轉的分錄為:借記“無形資產——流通權”科目，貸記“長期股權投資——支付對價”科目。
持有期間不攤銷，減持變現時，按流動性溢價和支付對價的比例計算損益。
其企業分錄為:借記“銀行存款”，貸記“投資收益”。
同時結轉成本，借記“投資收益”科目，貸記“無形資產——流通權”科目。
流通權的概念更符合股權分置改革的精神，不影響企業目前的財務狀況和經營成果，不影響國有資產的保值增值和對相關責任人的考核，更容易被非流通股股東接受。
此外，它還符合會計準則的相關原則，易於被會計人員理解和執行。
(3)股權補償的概念將支付的對價抵消股權。
對價的支付是鑒於過去制度的缺陷而產生的。非流通股股東補償流通股股東過去獲得的權利，以實現同股同權。
其會計分錄為:借記“資本公積——股權投資準備”科目，貸記“長期股權投資——支付對價”科目。
權益補償的理念雖然不影響經營業績，但直接影響國有資產的保值增值和對相關責任人的考核，不容易被非流通股股東接受，與股權分置改革的初衷背道而馳。
流通股股東與上市公司會計處理
流通股股東是對價的接受者，根據證券交易規則，在股權分置改革方案實施日按照自然除權原則進行會計處理。
也就是說，流通股股東壹方面獲得了新股、現金和權證，另壹方面卻失去了原始股的市值，結果既不是受益也不是受損。
股票交割記錄在備查簿或表外賬戶中；庫存損耗沒有記錄；支付現金以抵消投資成本。
認購權證在股權分置改革實施日的價格無法確定，因此屬於或有資產，其持有期間記入備查簿或表外賬戶。如果在行權日之前轉讓，其收益將抵消投資成本，該記錄將被註銷。
在行權日，若股票市價小於或等於行權價，權證價值為零，記錄註銷；如果股票的市價大於行權價，權證的價值就是市價與行權價的差額，收益會抵消投資成本，沖銷記錄。
認沽權證是有保證的賣價承諾，持有期記錄在備查簿或表外賬戶。
行權日，若股票市價小於行權價，則認沽權證的價值為市價與行權價的差額，其收益將沖減投資成本並沖銷記錄；如果股票的市價高於行使價，認沽權證的價值為零，記錄被註銷。
股權分置改革涉及上市公司股本變動。
其具體表現為:如果對價是送股，總股本不變，股本明細發生變化，在股本科目中進行調整；如減少對價，則總股本減少，股本明細發生變化，減少的股本轉入資本公積；認股權證發行的股份視同增發；現金、認購權證、認沽權證不涉及上市公司。