1、培養方向不同
學術型碩士教育以培養教學和科研人才為主，授予的學位的類型主要是學術型學位；
專業型碩士是國家為了克服學術型碩士的不足而新增的壹種新碩士，培養的是市場緊缺的應用型人才。
2、學習方式不同
學術型碩士是全日制學習。壹般為3年。
專業碩士是脫產全日制學習，學制2-3年。
3、學習費用不同
學術型碩士錄取為國家計劃內（非定向、定向）的碩士生。從2014年秋季學期起，所有的研究生開始自費。
專業碩士從2010年開始基本跟全日制學術型碩士壹樣，錄取為國家計劃內（非定向、定向）的碩士生按國家規定享受免學費待遇。