1.會計準則與營業稅的差異及其處理。建造合同準則規定確認合同收入有三種時間:(1)資產負債表日。這是壹項建造期較長的建造合同，跨越壹個或幾個會計年度，在資產負債表日尚未完工。為了計算和反映本期已完工工程的合同收入、費用和利潤，在資產負債表日確認合同收入、費用和利潤；(2)在合同完成當期，即對於上壹會計年度開始並在本年度完成的建造合同，應在合同完成當期確認收入、費用和利潤；(3)能夠確認賠償費用(即合同變更、索賠、裁決等引起的額外收入)發生的當期。)發生。
建造合同準則確認的收入金額，根據不同情況有不同的確認。完工百分比法下，合同收入按完工進度確認，建造合同準則確認的收入可能尚未收到營業收入或取得索取營業收入的憑證。根據現行《營業稅暫行條例》及相關規定，營業稅納稅義務發生在納稅人收到業務收入或取得索取業務收入憑證(對於建設工程，取得索取業務收入憑證通常是指辦理工程結算的相關憑證)的當天，即， 建築安裝營業稅納稅義務發生在:(1)對於合同完成後實行壹次性結算方式的工程，營業稅納稅義務發生在建設單位與承包單位結算工程合同價款的時間。 (2)采用旬末或月中預付、月末結算、竣工後結算方式的項目，營業稅納稅義務發生在月末與承包單位結清已完成工程價款的當天；(3)對采用按工程進度分階段結算價款方式的工程，營業稅納稅義務發生在每月月底與承包單位結算完工程價款的當天；(4)采用其他結算方式的工程，營業稅納稅義務發生在與承包單位結算工程價款的當天。
顯然，建造合同準則與現行營業稅條例及合同收入確認的相關規定在時間和金額上存在差異。(1)在時間上，建造合同規定了三個確認收入的時間點，而現行的營業稅法規和規定以工程價款結算之日確認應納稅所得額；(2)在金額上，建造合同中確認的收入是指預計從已完成部分收回的收入，並未全部取得索取收入的憑證，而《營業稅暫行條例》及相關規定在承包人與發包人結算時將應稅收入確認為工程結算金額。
營業稅的核算，根據現行營業稅條例及有關規定，企業每月申報繳納營業稅時，按照當期收到的合同價款或辦理的工程結算金額計算營業稅，借記有關成本費用科目，貸記“應交稅金——應交營業稅”科目，實際支付時借記“應交稅金——應交營業稅”科目。建造合同準則確認的累計合同收入與承包商的工程結算金額在工程竣工結算前通常是不對等的，因此在“應交稅費-應交營業稅”科目中會預留借方或貸方余額。工程竣工結算時，施工合同準則確認的累計合同收入將等於承包商的工程結算金額。此時“應交稅費-應交營業稅”科目的借方金額將等於貸方金額。
2.會計與增值稅的區別及其處理。根據《增值稅暫行條例》的規定，納稅人銷售貨物或者應稅勞務的納稅義務發生在收到銷售價款或者取得索取銷售價款憑證的當天。根據銷售結算方式的不同，納稅義務的發生時間也不同(詳見收入壹章的相關內容)。可以看出，建造合同準則確認的收入與現行增值稅規定確認的收入存在兩個差異，即(1)時間差異。建造合同準則確認收入的時間有三種:資產負債表日、合同完工日和收入能夠得到補償的當期。另壹方面，在增值稅處理中，確認納稅人銷售貨物或者應稅勞務收入的時間為收到銷售款項或者取得索取銷售款項憑證的當天；(2)金額差異，建造合同準則確認的收入，是指已完工部分預計能夠收回的收入，並不是全部取得了銷售款或者取得了索取銷售款的憑證。根據《增值稅暫行條例》的規定，納稅人銷售貨物或者應稅勞務應當確認的收入，為收到銷售價款或者取得索取銷售價款憑證的收入。顯然,《建造合同準則》對收入的確認與現行增值稅規定不同。
按建造合同準則確認收入時，由於增值稅是價外稅，企業可以不進行會計處理，但企業有納稅義務時，應按增值稅條例確定的銷售額計算銷項稅額，借記應收賬款等科目，貸記“應交稅金——應交增值稅(銷項稅額)”科目。工程完工並完成竣工結算時，建造合同準則確認的累計合同收入應等於按現行增值稅規定確定的銷售額。
(二)會計法規與企業所得稅的差異
企業所得稅與長期勞務合同壹樣，出於平衡財政收入的考慮，不允許對跨納稅年度的建造合同采用完工合同法。企業能夠按照完工進度或百分比法可靠預測收入及配套費用的，不能的，應當按照主管稅務機關確定的方法(按照上年實際情況、計劃數或其他方法)預繳所得稅，待工程完工後再進行匯算清繳。