1，內涵不同:政府部門和行政單位是國家機關，事業單位是實施政府部分公益性服務的部門和社會服務組織。
2.職責不同:政府部門和行政單位負責組織、管理和指揮國家的各項行政事務；以及以社會公益為目的從事教育、文化、衛生、科技等活動的事業單位。
3.編制和工資來源不同:國家部門和行政單位使用行政編制，由國家行政經費承擔。事業單位使用事業編制，由國家事業經費負擔。事業單位全額撥款，部分撥款，由企業管理。根據公務員法，行政單位的工資由國家承擔，事業單位則根據不同的管理模式實行不同的待遇。根據工作性質，也有行政單位或事業單位有行政編制的非公務員，壹般是後勤工作人員。他們的收入和公務員完全壹樣，只是職權不同。