電算化會計信息系統的內部控制可以劃分為：壹般控制和應用控制兩大類。它們都是用來預防、發現、糾正系統所發生的錯誤、舞弊和故障，使系統能正常運行；是提供可靠和及時的信息保證。與手工會計系統相比，它們也是計算機應用於會計信息系統所產生的特殊控制。
（壹）電算化會計信息系統的壹般控制
電算化會計信息系統的壹般控制是面向整個系統的控制，其對象涉及人員、設備和程序等。電算化會計信息系統壹般控制影響到計算機應用的成敗，是應用控制的基礎，它為數據處理提供了良好的環境。電算化會計信息系統壹般控制主要包括系統的組織控制、操作控制、系統安全控制、系統開發控制和系統維護控制等相互配合的系統運行環境方面的控制。
1.組織控制。組織控制的目的主要是減少電算化部門發生錯誤及舞弊行為的可能性。它的某些內容在原理上與手工會計系統的控制並沒有多少區別，如職責分工、適當分權、職位輪換等。組織控制的基本原則是不相容的職責由不同的人員或部門來承擔，基本目標是建立恰當的組織機構和職責分工制度。電算化會計信息系統從建立到運行的整個生存周期中，根據職能不同化分為兩大部門即系統開發部門和系統應用部門，系統開發部門主要承擔系統的開發研制以及系統的維護工作等，系統應用部門主要負責日常會計處理工作。兩部門的人員要嚴格分工，系統開發人員壹般不能從事系統應用操作，因為他們都是計算機專業人員，精通計算機並且了解電算化系統采用的各種控制技術、保密措施，可以輕易地進入系統進行不留痕跡的修改、破壞等操作。組織控制就是要使有關人員的越權處理活動難以進行，相互牽制、相互制約，以此來防止差錯、舞弊和犯罪行為的發生，保證電算化系統的可靠運行。
2.操作控制。為了保證數據處理的準確性和安全性，必須制定和執行各種標準的操作管理規程。例如，建立完備的機房管理制度，明確哪些人能上機操作、操作次序如何，嚴禁無關人員進入電算化機房，還要按有關規定記載上機日誌等。為了防止舞弊行為，程序員不得參與操作，操作員不得接觸參與程序設計、不得更動軟件和打開數據庫修改數據；操作員不得隨意更換計算機所配置的系統參數及所安裝的軟件、並且不得在工作計算機上做任何與會計核算業務無關的事情，如在工作計算機上玩遊戲。
3.系統安全控制。電算化會計信息系統應該層層設防、嚴加防範，主要包括硬件安全控制、軟件安全控制、網絡安全控制和實體安全控制等。訪問授權是計算機技術中壹種常見的控制手段，它可以保證會計信息只能由授權人訪問，以防止非授權者的訪問、復制、修改和破壞，並且系統壹旦被破壞仍保證能利用會計檔案備份迅速恢復正常。無論是正常操作還是非法操作都必須由上機日誌記錄在案，即使發生問題，也可以根據權限範圍以及上機日誌迅速追查事故原因，以便分清責任、解決問題。
4.系統開發控制。它是壹種預防性控制，目的是防止電算化系統開發階段的錯誤和偏差，確保系統開發過程及內容符合內部控制的要求和有關標準。開發系統前，要進行有效的可行性研究，使系統的每項設計都等滿足單位的會計工作要求，並能適當滿足單位發展前景的要求；系統開發過程中還要留下審計線索，以保證日後審計工作的需要。電算化系統正式投入運行前，要對有關人員進行培訓，還要和手工會計工作並行壹段時間（大約3個月），並經過有關主管部門和財政部門的評審驗收，以證明新系統的合理合法性。
5.系統的維護控制。為了適應系統運行環境的變化，系統維護涉及到電算化系統功能的調整、擴充和完善，包括軟件的修改升級、計算機硬件和通訊設備的維修或更新等。對電算化系統進行維護必須經過周密計劃，維護過程的每壹環節都應設置必要的控制，如系統操作員不能直接參與軟件的修改，所有與系統維護有關的活動都應嚴格記錄並存檔。
（二）電算化會計信息系統的應用控制
電算化會計信息系統的應用控制是指影響系統特定用途的控制，即為適應會計處理的特殊要求而建立及實施的控制。應用控制是壹般控制的深化，可以在壹般控制的基礎上，直接深入到具體的業務數據處理，為數據處理的準確性、完整性和可靠性提供最後的保證。應用控制主要包括3個方面：輸入控制、處理控制、輸出控制。
1.輸入控制。目前電算化系統的數據輸入手段有鍵盤手工輸入、軟盤轉入和網絡傳送等，其中鍵盤手工輸入應用得最多，也最易出錯。只有輸入正確的數據，才能進行正確的處理。輸入控制包括4個方面：（1）經濟業務在由計算機處理前經過適當的批準；（2）經濟業務沒有被遺漏、添加、重復或不正當的更換；（3）經濟業務準確地轉變為機器可讀的形式，並被紀錄在數據文件中；（4）不正確的經濟業務被剔除、改正。在數據輸入過程中，目前使用的大部分軟件都設置了各種控制程序。例如，建立科目代碼名稱字典文件，輸入科目代碼時提示科目名稱，當有新增科目代碼自動追加到科目名稱字典中供用戶使用；建立科目對應關系參照文件，記賬憑證輸入完畢後，計算機自動判斷該科目的對應關系是否正確，如果不對，提示用戶進行修改。
2.處理控制。處理控制是對數據處理的準確性和可靠性的控制。數據處理的準確、可靠，雖然在很大程度上依賴於輸入數據的準確性、計算機硬件和軟件安裝的可靠性，但是，即使這方面都有其保證措施，仍然可能出現壹些問題。例如，程序邏輯錯誤、計算錯誤、處理非法數據、重復輸入等情況。因此，還必須設置處理控制措施，采用各種技術手段對輸入數據的準確性進行校驗。例如，在賬務處理系統下未經復核的憑證不能記賬，上月未結賬本月不能結賬；又如利用會計賬戶的余額進行控制，費用和收入類賬戶在期末壹般沒有余額，資產類賬戶的期末余額壹般在借方，負債類和所有者權益類賬戶的余額壹般在貸方，因此可以將這個基本內容作為余額合理性標準編入程序，當程序運行時就可以對所有賬戶余額進行合理性檢查。
3.輸出控制。財務軟件的輸出功能壹般包括查詢輸出、打印輸出和向軟盤輸出或運用網絡輸出等方式。輸出控制的主要目的是為了保證計算機輸出結果的正確性、可靠性、及時性和必要的保密性，保證輸出的接觸人員是僅限於經過授權的人員。為此，要對打印或下載的文檔資料嚴格控制，對儲存輸出數據的各種磁盤或其他磁性介質也要采取各種控制措施，並建立輸出資料控制制度，由專人負責分發、保管並登記輸出資料的使用者、分發日期、打印份數或下載情況；同時對發生的差錯、丟失、泄密等事故要進行記錄，仔細檢查、分析形成事故的原因是操作員的過錯還是程序本身的，並能采取相應的避免措施或改進措施。軟件應對各種輸出要求進行權限設置，未經授權，計算機拒絕執行其輸出要求。例如在網上傳輸要設置網絡口令，只有當口令正確時才能執行輸出操作；又如對向軟盤輸出的情況，計算機應首先檢查軟盤的安全性，以防止計算機病毒的侵蝕。
二、 電算化會計信息系統內部控制存在的問題
在電算化會計信息系統環境下，有形記錄較手工會計系統大為減少，賬務處理結果及數據文件都存儲在計算機或磁盤等電子介質上，不像手工會計系統那樣直觀，特別是在磁盤上更改數據不會留下任何痕跡，而在計算機內部，會計數據無論是形態還是結構卻發生了變化，這對會計數據的真實性、有效性和完整性都造成了威脅，壹旦出現舞弊行為，後果將是嚴重的和難以發現的。目前，在會計工作實踐中，電算化會計信息系統內部控制存在的問題主要表現在以下3個方面。
1.數據的安全性差。手工會計系統中數據的處理和儲存都分散於各個不同的部門和人員，而電算化系統的突出特點是會計數據處理的自動化、集中化，因此給數據安全帶來了壹定的威脅。例如，電算化系統都有必要的財務分工功能，每個操作員都設置有自己的口令和不同的工作權限，並且每個操作員都應保守自己的口令秘密。但是在電算化實踐中，（1）壹部分單位雖然設置有不同的財務分工，卻往往是壹個操作員身兼數職，可以以不同的身份進入系統進行不同的操作，這樣，財務分工的控制就名存實亡。（2）未經授權的計算機專業人員可以利用計算機技術和網絡技術輕易地瀏覽各種數據文件，造成會計機密數據被泄漏。（3）會計數據文件大量地保存在磁性材料中，壹旦發生火災、水災、盜竊之類的事件，就可能使全部數據丟失和毀損；同時磁性材料對外界環境的要求比較高，要防火、防水、防磁和防塵，對環境溫度也有壹定要求，因此增加了數據的脆弱性。如果不加強電算化會計信息系統數據安全方面的控制，數據丟失和毀損的可能性就會大大增加，並造成財務軟件的程序控制失效。為了保證會計信息的安全性、可靠性，財政部曾制定了相關的規則，對財務軟件必須具有的安全性做了壹些具體規定和指導意見。
2.差錯的反復性和嚴重性。手工會計系統中數據處理環節分散於多個部門、多個員工，壹個部門或人員的差錯往往可以在下個環節發現和糾正。所以，壹般情況下壹定時間內差錯重復發生的可能性不大，發生重大差錯的可能性也不大。電算化系統數據處理自動化、集中化，再加上計算機運行的高速性、程序運行的重復性，使得處理結果壹旦發生錯誤，往往就會在短時間內迅速蔓延，造成多種數據文件、賬簿及整個系統的會計數據失真，並且可能使系統出現反復性差錯。正如信息處理中的壹句名言：“垃圾進，垃圾出”，也就是說如果輸入數據出錯，以後的處理環節再正確，也只能輸出錯誤的信息。電算化系統數據處理的高速性和集中性都使得出現差錯的危險性增大，因此，電算化會計信息系統數據輸入、數據處理各環節和系統硬件設施等方面都需要加強控制。
3.管理和監督的有效性差。根據財政部的有關規定，以計算機代替手工記賬的單位必須達到壹定條件，並且需要經有關財政部門或上級主管部門的審批；運用互聯網輸出、輸入或處理數據，還需要到公安部門登記註冊。但是，實際上部分單位未經審批就直接采用計算機代替手工記賬；更為嚴重的是，有些單位未能滿足相關條件就正式使用計算機代替手工記賬。例如，計算機和手工並行三個月且取得與手工相壹致的結果是審批的必要條件之壹，有些單位未完成這壹環節、也未經審批，就直接實施了會計電算化。計算機代替手工記賬的單位必須建立完善的電算化管理制度，有些單位雖然建立了內部管理制度，但徒有虛名並沒有切實執行。例如，按職權分離原則，系統開發人員不應直接接觸或者正式操作電算化會計系統，憑證的輸入和復核人員必須由不同的人員執行，但有些單位系統開發人員則可以隨時接觸會計核算系統，甚至頂班操作；也有壹些單位由同壹個人按照不同的姓名口令進入系統去完成憑證輸入和復核兩項不兼容的工作。
三、電算化會計信息系統內部控制的加強和完善
電算化會計信息系統的內部控制實際執行了壹部分審計工作，它是壹項技術性強並相當復雜的工作，因此必須加強和完善電算化會計信息系統的內部控制，以保證系統的正常運行和財務數據的安全可靠，減少甚至消除可能發生的危害。提升單位或企業的整體管理水平，以保障單位或企業管理目標的實現，主要措施應有以下幾個方面。
1.強化風險意識。會計信息化是會計發展的必然趨勢，與手工會計系統相比，電算化會計信息系統具有明顯的優越性，但是電算化系統有不同於手工會計系統的特點及其風險，必須建立更加嚴密的、系統的內部控制制度。各級領導和財會部門、信息部門人員都應對會計信息化樹立正確的思想認識，營造風險防範從我做起的氛圍。目前，社會中計算機犯罪行為的增加，使我們更應認識到電算化會計信息系統加強內部控制的重要性。強化系統的內部控制，既是預防電腦犯罪的重要措施，也是減少差錯的有效保障。
2.在法規、準則制度上完善對電算化會計信息系統的內部控制機制的規範。目前，財政部已陸續頒布了壹系列內部會計控制規範文件，如“內部會計控制規範———基本規範（試行）”“內部會計控制規範———貨幣資金（試行）”“內部會計控制規範———采購與付款（試行）”“內部會計控制規範———銷售與收款（試行）”。但我國有關部門頒布的電算化方面的政策法規還不多，參照國際慣例，電算化會計信息系統內部控制的內容應以準則的方式對外發布。實施電算化會計信息系統的單位可以結合自身的特點，制定切實可行的內部會計控制制度及方法。財政部和主管部門應制定內部控制工作指南，對單位電算化會計信息系統內部會計控制工作提出指導和建議。
3.加強與使用電算化系統有關的審批、評審和驗收等工作的監督機制。使用電算化會計信息系統的單位必須具備幾個基本條件，各級財政部門和業務主管部門應加強審批的各項管理措施，以保證實現會計電算化的單位都具有良好的內部控制制度，特別是對於商品化的財務軟件，要加強對軟件的評審管理。評審的內容主要是針對軟件是否符合國家統壹的會計制度，軟件的安全性、可靠性以及軟件的售後服務功能等方面。驗收工作主要是檢查與軟件相配合的運行環境和管理制度的建立情況。
4.加強內部審計。內部審計是單位或企業內部控制系統的重要組成部分，也是強化內部會計監督的制度安排。電算化會計信息系統的運作往往是“人機”對話的特殊形態，對網絡環境下的會計信息審核必須運用更復雜的查核技術，只有精通計算機網絡知識、熟悉審計財務程序的人員才能勝任此項工作，這給內部審計加大了難度[2].內部審計制度是保障內部控制的重要手段之壹，通過內部審計可以了解現有的壹些內部控制措施是否能滿足為內部會計系統提供準確、可靠的信息，以及這些控制措施能否有效地運作以達到預期的目的。在電算化系統運行過程中，審計人員對會計業務處理等工作進行評價和檢驗，有利於檢測財務軟件的可靠性，發現存在的問題、提出解決問題的建議，有利於提高會計核算質量和管理水平。
5.人員控制。人員控制是電算化系統管理的根本，會計電算化人才的缺乏是制約我國會計信息化工作發展的關鍵環節。為此，首先要通過各種培訓提高會計人員的計算機業務水平和職業道德水準、增強遵守各項法規的自覺性，實行考核合格才準上崗的制度；其次要通過各類院校培養既懂會計又掌握壹定計算機知識及技能的專業人才充實到會計隊伍中；第三，會計人員不僅要具備財會知識和計算機知識，同時還要掌握壹定的管理知識；最後，業務主管應當熟悉整個會計電算化處理業務，以便對系統會計工作流程進行監控和指導。
總之，任何計算機系統都不是無懈可擊的，任何規章制度也不是天衣無縫的，因此，完善有效的計算機系統及管理制度是電算化會計信息系統安全之本；提高會計電算化人員素質，規範和完善電算化會計信息系統操作和管理章程，重視內部審計，增強數據安全意識，是當前強化電算化會計信息系統內部控制的關鍵問題。