中國證券市場設計研究中心的前身是“證券交易所研究設計聯合辦公室”，並得到中國政府有關主管部門支持的非盈利、民間性、會員制事業單位。實行理事會領導下的總幹事負責制。壹九九壹年十二月改為現名。從醞釀和籌備時起。五年多來，“聯辦”完成了第壹個在中國創辦規範化證券交易所的實施方案(1988年)；積極參與了中國“證券法”“公司法”等法律的起草工作(自1989年至今)；編輯出版了中國第壹套系統介紹專業知識的證券業叢書(1989年)；應邀參加了上海、深圳證券交易所的設計和籌建工作(1990年)；設計籌建了第壹個全國性、跨地區電腦聯網的證券交易自動報價系統(STAQ系統，1990年)；推動和組織實施了第壹次國信發行承銷試點(1991年)並連續三年擔任國債發行承銷的“總協調”，三次試點並承銷國債近百億元人民幣；推動和設計建立了中國境內第壹個投資基金――發行規模為3億元人民幣淄博鄉鎮企業投資基金(1991年)；籌劃和組織了在全國範圍內定向募集法人股份的最早壹批(三家公司)試點，籌資總額4.2億元人民幣(1992年)；推動並組織了第壹個專門的法人股流通市場(1992年)；創辦了第壹份全國性證券專業雜誌――《證券市場》周刊(1992年)創辦了第壹個全國性證券業培訓中心(1992年)；籌劃和組織了中國股份公司采取私募發行外資股(引進外資5200萬美元)的成功先例――廣西玉柴公司(1993年)；協助財政部和中國證監會成功進行了建立“國債壹級自營商”制度的試點(1993年)···以上這些和“聯辦”成就的其他業績，構成了中國證券業和經濟改革上的重要篇章，贏得了海內外高度的贊譽。它同時表明，“聯辦”有能力繼續擔負推動中國資本市場健康成長的新的使命。
1988年9月底以後，以國家體改委和中國人民銀行總行牽頭，由中國新技術創業投資公司、中國農村信托投資公司、康華發展總公司和中國工商信托投資公司四家發起，先後在北京召開了壹系列會議，專題討論和研究了在北京成立全國性證券交易所的可能性和具體實施步驟。參加會議的單位還包括財政部、國家計委、國有資產管理局、人民銀行北京市分行、中央財經領導小組、國務院辦公廳以及其他金融投資機構。
四家發起公司會同社會上部分金融和法律專業人才，如海外回國的王波明、高西慶等人，在松散形式下組成了“證券交易所研究設計小組”（“聯辦”前身），並在壹個月內完成了“中國證券市場創辦與管理的設想”（簡稱“白皮書”，起草人有：宮著銘、周小川、張曉彬、蔡重直、王波明、高西慶、陳大剛、許小勝）和“中國證券體系規劃圖”等壹系列文件，對中國證券業和設立交易所的整體格局提出設想。
在主要文件擬就後，“設計小組”將有關部分呈報中央及國務院有關領導同誌審閱，數天內，有關領導同誌均對報告作了批示，中央領導提議請姚依林和張勁夫同誌主持並聽取“設計小組”成員的匯報。
1988年11月9日， 姚依林和張勁夫同誌主持了由中央財經領導小組及有關部委領導參加的會議，聽取了張曉彬、周小川、王波明、高西慶等建議建立證券交易所的匯報。會議認為，當時建立證券交易所“壹是條件不成熟，二是非搞不可”，要將建立證券交易所作為近兩年體制改革的配套措施，要起步早，積極籌備，根據條件逐步發展。
會後，“設計小組”立即著手進行了證券交易所籌備班子的組建工作，為避免引發爭議，籌備班子沒有直接取名“北京證券交易所籌備辦公室”，而是定名為“證券交易所研究設計聯合辦公室”（簡稱“聯辦”），半帶政府色彩，半帶研究機構性質。
1989年3月15日，“聯辦”成立簽字儀式在北京香格裏拉飯店舉行，創始會員每家出資50萬元。簽字的九家創始會員公司代表分別是：中國化工進出口總公司鄭敦訓、中國對外貿易信托投資公司趙誌堅、中國光大集團公司冷林、中國農業開發信托投資公司宮成喜、中國農村信托投資公司王岐山、中國國際信托投資公司經叔平、中國信息信托投資公司楊鹹祥、中國康華發展總公司賈虹生和中國新技術創業投資公司張曉彬。
簽字儀式後召開了“聯辦”第壹次成員大會和第壹次理事會，會議通過經叔平任“聯辦”理事長，張曉彬任理事會秘書長，宮著銘為總幹事，王波明為副總幹事。
“聯辦”工作規劃為：起草證券管理法規；設計審計、財會的統壹標準；設計交易所內部交易程序與軟件；設計證券市場內外的配套體系；組織培訓全國證券專業人員；落實交易所的選地與設置等10項。當時計劃在1990年底或1991年初正式運營北京證券交易所。
1990年底，上海證券交易所、深圳證券交易所相繼成立，北京證券交易無果而終。當年12月5日，“聯辦”建立的STAQ系統在北京人民大會堂舉行開通典禮，成立了第壹個全國性、跨地區電腦聯網的證券交易自動報價系統。業內人士認為，兩所壹網的建立標誌著中國證券市場的誕生。
1991年4月20日，聯辦組織的首次國庫券市場化承購包銷合同簽字儀式在北京人民大會堂蒙古廳舉行。
1991年8月30日，國家科委批準聯辦承接的《高新技術產業開發區高新技術企業股份制和風險投資機制綜合改革方案研究設計課題》立項，聯辦首次以政府合同形式接受政府部門委托。
1991年12月25日，國家人事部批復國家體改委，允許將“聯辦”掛靠其下。
1992年7月，STAQ系統成為法人股流動試點。
1992年10月，深圳“8?0”事件發生後，國務院證券委及其監管執行機構中國證監會成立，當年推動聯辦成立的積極分子劉鴻儒（歷任人民銀行副行長、體改委副主任）和傅豐祥（體改委宏觀司司長）分任首屆證監會正副主席，“聯辦”中大量人物進入新成立的證監會：王波明任交易司負責人，李青原任國際司負責人，高西慶任法律司負責人，陳大剛擔任高級律師，汪建熙任首席會計師。高西慶後在1999年至2003年任證監會副主席，李青原2002年任證監會規劃發展委員會辦公室主任，後任證監會首屆研究中心主任。
1992年11月，“聯辦”推動和設計建立了中國境內第壹個投資基金——發行規模為3億元的淄博鄉鎮企業投資基金。
1998年4月，國家開始整頓場外非法交易市場，STAQ市場開始萎縮。
1998年國務院證券委與其辦事機構中國證監會合並。
1999年9月9日和10日，STAQ和NET系統因“國慶彩排交通管制”和“檢修機器”暫停交易。