需要註意的是，該文件上述規定僅明確了企業從政府取得搬遷補償的會計處理，並未明確企業從政府轉讓土地使用權的壹方取得補償的會計處理以及如何因土地使用權轉讓而取得補償。筆者認為，企業從以出讓方式取得土地使用權的企業取得的補償，也應屬於從政府取得的補償，也應按照上述規定辦理；土地使用權轉讓的補償，應當按照無形資產轉讓的有關規定進行核算。
根據新會計準則的規定:
《企業會計準則解釋第3號》規定，企業因城市總體規劃、庫區建設、棚戶區改造、沈陷區治理等公共利益搬遷時，從政府直接從財政預算中收到的搬遷補償，應當作為專項應付款處理。其中，對固定資產和無形資產損失、相關費用、停工損失和企業搬遷後待建資產的補償，由專項應付款轉入遞延收益，按照《企業會計準則第65438號+06號——政府補助》進行會計處理。企業取得的搬遷補償扣除轉入遞延收益的金額後有余額的，作為資本公積處理。企業收到除上述規定以外的搬遷補償時，應當按照《企業會計準則第4號——固定資產》、《企業會計準則第16號——政府補助》等會計準則處理。
根據上述規定，只有當企業取得政府從財政預算中直接撥付的搬遷補償時，才需要先通過“專項應付款”的核算，然後“專項應付款”和“資本公積”企業從其他來源取得的搬遷補償才不會通過“專項應付款”的核算，而應按照轉讓固定資產或無形資產處理。同理，企業因政府收回土地使用權而從取得土地使用權的壹方取得的補償費，應作為從政府取得的財政性資金處理。