（壹）資產類科目
第壹，往來款項中，行政單位會計只有壹個“暫付款”科目，而事業單位會計則有“應收票據”、“應收賬款”、“預付賬款”和“其他應收款”四個科目。這是因為行政單位往來業務內容比較單壹，包括行政單位在業務活動中與其他單位、所屬單位或本單位職工發生的臨時性待結算款項，在會計核算中簡化為暫付款項的核算，而事業單位的往來款項科目同企業會計壹樣。第二，行政單位的存貨僅有“庫存材料”壹項，而事業單位有“材料”和“產成品”兩個科目。這是因為事業單位可以制造產品，以便對外銷售或為本單位所用，行政單位沒有此類業務。對於材料的入賬價值，兩者規定也有所不同：行政單位中，材料采購和運輸過程中的運雜費、差旅費等不計入材料價格，直接作有關支出處理。而在事業單位中，運雜費應計入材料入賬價格。第三，有價證券與對外投資科目。“有價證券”科目用以核算行政單位所購國債，“對外投資”科目用以反映和監督事業單位對外投資的有關情況。為保證行政單位履行機關職責，行政單位不參與對外投資，但在單位有結余資金，又不影響行政任務完成的情況下，可以用經費結余購買國債，而且只能購買國債，不得購買其他有價證券。而事業單位對外投資，不僅包括購買各種有價證券，還包括貨幣、材料、固定資產或無形資產對外投資。第四，事業單位有“無形資產”科目，行政單位沒有。這是因為事業單位中有科學事業單位、高等院校等，這些知識密集型事業單位往往是專利權、非專利技術、著作權、商標權等無形資產的生產者或使用者，必須對無形資產的增減變動進行核算，而行政單位只進行行政管理，不涉及無形資產問題。
（二）負債類科目
行政單位與事業單位負債類科目不同之處在於，行政單位“暫存款”科目對應事業單位“借入款項”、“應付票據”、“應付賬款”、“預收賬款”、“其他應付款”、“應交稅費”等科目。行政單位在業務活動中與其他單位和個人發生的待結算款項都納入“暫存款”科目核算，包括臨時暫存（存入的押金、保證金等）和應付未付款項、不明性質的資金以及收到外單位委托辦事的資金等，而且對於暫存款，應及時清理結賬，不得長期掛賬。而事業單位“借入款項”是指事業單位向財政部門、上級單位、金融機構借款和向其他單位借入有償使用的各種款項；事業單位通過市場交易形成的負債用“應付票據”、“應付賬款”、“預收賬款”科目核算；由於實現應稅收入形成的負債用“應交稅費”科目核算；其他應付、暫收其他單位或個人的款項用“其他應付款”科目核算，如租入固定資產的租金、存入保證金等。
（三）凈資產類科目
凈資產是指資產減去負債後的差額。行政單位凈資產類科目包括“固定基金”和“結余”兩個會計科目。固定基金是指行政單位固定資產所用的資金，固定基金的數額與固定資產的數額始終是相等的。結余是行政單位各項收入與支出相抵後的余額，正常經費結余和專項資金結余應分別核算。而事業單位凈資產除固定資產的凈資產形態用“固定基金”表示外，還包括“事業基金”、“專用基金”、“事業結余”、“經營結余”和“結余分配”等五個會計科目。事業單位用事業基金來核算其所擁有的非限定用途的凈資產，用專用基金來核算事業單位按規定提取的有專門用途的資金。而且因為事業單位既有經營性資金運動，又有非經營性資金運動，因此，設置經營結余科目來表示單位經營收支相抵後的余額，事業結余科目來表示各項非經營收支相抵後的余額。另外，事業單位要對結余進行分配，而行政單位對結余不能進行分配，只能結轉下年繼續使用。
（四）收入類科目
行政單位收入類科目包含“撥入經費”、“預算外資金收入”、“其他收入”三個會計科目，而事業單位收入範圍非常廣泛，包含“財政補助收入”、“上級補助收入”、“撥入專款”、“事業收入”、“經營收入”、“附屬單位繳款”、“其他收入”等多個科目。兩者之間具體的區別包括：由財政部門或上級單位撥入的預算經費，行政單位計入“撥入經費”，事業單位則計入“財政補助收入”；為核算上級單位撥入的非財政補助資金，事業單位設置“上級補助收入”科目；財政部門、上級單位或其他單位撥入的有指定用途需單獨報賬的專項資金，事業單位計入“撥入專款”科目；因事業單位有市場取得的收入，因而分別設有“事業收入”、“經營收入”科目；按規定從財政專戶核撥下來的預算外資金以及部分經財政部門核準不上繳預算外資金財政專戶的預算外資金，事業單位將其並入“事業收入”核算，而行政單位則單獨設置“預算外資金收入”科目來進行核算。
（五）支出類科目
行政單位支出類科目包括“撥出經費”、“經費支出”、“結轉自籌基建”三個會計科目，而事業單位設置了“撥出經費”、“撥出專款”、“專款支出”、“事業支出”、“經營支出”、“成本費用”、“結轉自籌基建”等多個科目。