1.數據處理的集中性削減了傳統的內部控制制度
在會計電算化信息系統中，所有的數據處理都是由會計軟件在計算機中自動處理，任何會計人員甚至有的外部人員都可在計算機上瀏覽會計信息，甚至可以修改、破壞會計信息資料和系統數據，這就給數據的安全帶來了壹定的威脅。雖然每個操作員都設置了權限和口令，並且各自的口令都應保密，但是有的單位對操作員的權限管理比較松懈，壹個操作員可以以不同的身份進入系統並進行不同的操作，使崗位責任制名存實亡。手工會計系統中，會計人員之間的聯系是直接的，由於崗位的不同和筆跡的不同，自然形成了相互制約、相互監督的內控體系。而在電算化會計信息系統中，原來的人與人之間的聯系，部分的轉變為人與計算機的聯系，通過計算機使犯罪更加隱蔽，後果更嚴重。
2.會計電算化系統的安全和保密性差
財務資料是單位的絕對秘密文件，在很大程度上關系單位的發展和存亡。在會計電算化系統中，所有的會計數據和程序文件都保存在計算機中，會計工作的正常運行也完全依賴於計算機系統的穩定和安全，壹旦出現斷電、病毒發作、錯誤操作、火災、水災、盜竊等意外事故，就會造成數據丟失，甚至系統癱瘓，而壹旦數據丟失，後果不堪設想。
3.會計檔案的管理沒有落實到位
實行電算化後的會計檔案除包括憑證、賬簿、報表外，還包括軟盤、光盤等存儲介質和軟件開發運行中編制的各種文檔和程序。目前大多單位對磁性存儲介質的管理還不重視，認為會計檔案主要是憑證、賬表等直觀的資料。