根據上述職責，省農業委員會設18個內設機構：
（壹）辦公室（信訪工作處）。
負責機關文電、會務、機要、信息、檔案、安全、保密、信訪、機關辦公用品管理和聯絡接待工作；負責機關綜合協調、督查督辦、電子政務、政務公開等工作；負責農業宣傳、新聞發布有關工作；牽頭協調本系統和農業行業安全生產；牽頭制定機關有關規章制度並組織實施。
（二）人事處。
負責機關和直屬單位的人事管理、機構編制和委管幹部管理工作；承擔農業職業技能開發工作；參與農村實用人才培訓工作；會同有關主管部門依法實施農業農村人才專業技術資格和從業資格管理；負責機關、直屬單位農業人才智力引進與管理工作。
（三）綜合處。
負責綜合全省農業和農村工作情況；參與全省農業和農村工作中有關重大課題的調查研究；起草農業和農村工作方面的重要文件和綜合性材料；編發《黑龍江農村工作》及《領導參閱》。
（四）產業政策與法規處。
擬訂農業產業政策，提出農業產業保護和發展的政策建議；組織開展農業和農村經濟重大問題調研,提出深化農村經濟體制改革的建議;承辦農業和農村經濟法規草案及規章的起草和執法監督工作，指導農業行政執法體系建設；承擔農業行政復議、應訴工作；承擔機關有關規範性文件合法性審核工作。
（五）農村經濟體制與經營管理處。
提出穩定和完善農村基本經營制度政策建議；指導農村土地承包、承包經營權流轉和承包糾紛仲裁管理；指導農村集體經濟組織和農民專業合作組織建設；指導村級資金、資產、資源管理；組織指導清理化解村級債務和內部審計；負責農村經濟收益分配統計分析；承擔監督減輕農民負擔和村民“壹事壹議”籌資籌勞管理；承辦省農民負擔領導小組的日常工作；參與農村綜合改革和社會事業發展工作；配合有關部門抓好村級組織建設。
（六）市場與經濟信息處。
提出大宗農產品和重要農業生產資料的流通及價格政策建議；擬訂農業和農村經濟信息體系建設規劃並組織實施；擬訂全省大宗農產品市場體系建設規劃並組織實施，監測分析農業和農村經濟運行；承擔農業統計有關工作，發布農業和農村經濟信息，指導農業信息服務；承擔培育、保護和發展農產品品牌有關工作；組織協調菜籃子工程。
（七）發展計劃處。
擬訂農業與農村經濟發展戰略；組織編制農業和農村經濟中長期發展規劃和年度計劃及有關專題規劃；承擔農業固定資產投資的相關工作；組織全省農業行業固定資產投資規劃和投資項目可行性研究報告或項目建議書的編制、審核、申報及投資計劃下達；負責全省農業基本建設投資項目組織實施、監督檢查和竣工驗收；負責全省農業資源區劃工作。
（八）財務審計處。
提出扶持農業和農村經濟發展的財政、稅收、信貸、保險等政策建議；組織編報農委部門預算、決算；指導監督農委國庫集中支付、政府采購及國有資產管理工作；負責機關會計核算工作；負責農委專項資金的使用、監督和管理；負責農委系統的內部審計監督。
（九）對外經濟合作處。
負責外向型農業綜合指導和協調服務，組織落實有關農業對外開放的規劃與政策；承擔涉外農產品國際貿易促進服務工作；承擔農業國際經濟、技術交流與合作工作；承辦省政府交辦的農業涉外事務：負責涉外因公出國（境）組團及人員的審核、報批工作；承擔外事接待和對外項目洽談的組織工作；承辦涉及與臺灣地區有關的農業事務。
（十）科技教育處。
承擔實施科教興農工作；負責農業科技創新、農業科研、技術引進、成果轉化推廣和現代農業產業技術體系、農技推廣體系改革建設工作；承擔農業植物新品種保護和農業轉基因生物安全監督管理工作；承擔指導農用地、宜農灘塗、宜農濕地、農業生物物種資源的保護和管理工作；承擔指導農業面源汙染治理有關工作；承擔外來物種管理相關工作；提出科技推廣項目建議；指導農民農業幹部教育培訓、農業職業教育工作。
（十壹）種植業管理處（農情辦公室）。
擬訂種植業發展的政策、規劃、計劃並組織實施;指導全省種植業生產結構優化和布局調整；承擔發展節水農業的相關工作；落實國家良種推廣補貼政策；監測、發布農業災情；組織種子、化肥等救災物資儲備和調撥，提出生產救災資金安排建議，指導緊急救災和災後生產恢復；指導救災備荒種子儲備和調撥；組織種子及其資源的品種審定、登記工作；組織實施農作物遺傳資源保護；承辦國內和進出境植物檢疫的有關事宜；組織植物檢疫性有害生物的普查；參與植物防疫法規、規章草案和農業生產有關標準制定並監督實施；承擔種子（種苗）審批和肥料、農藥登記及監督管理的有關工作；提出耕地保護等有關政策措施及規劃並監督實施；提供並發布農情信息。
（十二）省農業產業化領導小組辦公室。
編制農業產業化發展規劃並組織實施；指導農業產業化基地建設工作；指導農業龍頭企業和市場建設；負責協調落實農業產業化項目；指導農產品加工業結構調整、技術創新和服務化體系建設；指導農業特色經濟發展；承辦省農業產業化領導小組的日常工作。
（十三）農業機械化管理局。
擬訂農業機械化和設施農業的政策、規劃並組織實施；起草有關農業機械化法規、規章並監督實施；提出農業生產機械裝備技術要求和發展要求；提出農機化科研、技術推廣項目建議，指導農業機械化推廣體系改革與建設；指導農機作業質量、維修質量和售後服務的監督管理，依法組織實施農業機械安全監理和試驗鑒定等有關工作；指導農機化生產和農機作業安全管理；承擔農機化信息和統計相關工作。其內設機構暫不變。
（十四）漁業局（中華人民***和國黑龍江省漁政局）。
擬訂漁業發展規劃、計劃並組織實施；提出漁業項目建議並組織實施；保護和合理開發利用漁業資源，行使漁政漁港監督管理權；承擔漁業水域生態環境及水生野生動植物保護的有關工作；指導水產健康養殖，承擔組織水產品質量安全監督管理的有關工作，組織水生動植物病害防控工作；指導漁業安全生產；代表國家執行國際漁業公約和雙邊漁業協定，處理涉外漁事糾紛；負責全省漁業各類經濟指標統計工作。其內設機構暫不變。
（十五）農產品質量安全監管局。
擬訂農產品質量安全政策、法規；負責牽頭擬訂農業標準化工作；擬訂農業標準化發展規劃及相關政策，組織擬訂相關技術標準並監督實施；依法實施符合安全標準的農產品認證和監督管理的有關工作；組織開展農產品質量安全風險評估工作，承擔農產品質量安全應急處理、質量監測、信息發布、檢驗檢測體系建設和機構考核工作；承擔省綠色食品開發領導小組的日常工作。
（十六）農村勞動力轉移與縣域經濟工作處。
擬訂農村勞動力轉移的規劃和政策；負責農村勞動力轉移培訓計劃的制訂和落實；指導農民非農職業技能培訓；組織開展勞務對接等相關服務；擬訂全省縣域經濟發展中長期規劃及重大政策和措施；負責縣域經濟有關政策的協調和實施；負責縣域經濟社會監測考核和獎勵；承擔省農村改革試驗區工作；承擔省縣域經濟領導小組的日常工作
（十七）新農村建設工作處。
擬定全省新農村建設中長期發展規劃和政策措施；制定年度及階段性工作計劃並組織實施；擬訂全省新農村建設實施方案，並負責指導、培訓、監督和檢查驗收；組織和指導中、省直單位開展新農村幫建工作；協調指導墾、林、礦、油區及大型企業與地方開展合作***建新農村工作；承擔省新農村建設領導小組日常工作。
（十八）省委農村工作領導小組辦公室。
負責全省農業和農村工作的研究；擬訂全省農村經濟發展戰略和政策；統籌協調全省農業和農村工作；承擔協調農口及涉農部門工作，監督各地各部門農村重要工作完成情況；組織、指導全省農村經濟體制改革工作；組織開展全省農業和農村工作中有關重大問題的調查研究。
機關黨委。按黨章規定設置,負責機關和直屬單位的黨群工作。
離退休幹部工作處。負責農委機關離退休幹部管理和服務，指導直屬單位的離退休幹部工作。
紀檢監察機構。為省紀檢委（監察廳）的派駐機構，人員編制、領導職數單列。