註冊會計師應當在內部控制審計報告中增加強調事項段的情形包括：如果確定企業內部控制評價報告對要素的列報不完整或不恰當，如果註冊會計師知悉在基準日並不存在、但在期後期間發生的事項，且這類期後事項對內部控制有重大影響。
壹、註冊會計師：
註冊會計師，是指通過註冊會計師執業資格考試並取得註冊會計師證書在會計師事務所執業的人員，簡稱為CPA，註冊會計師專業考試科目為《會計》、《審計》、《財務成本管理》、《經濟法》、《稅法》、《公司戰略與風險管理》，綜合階段為：職業能力綜合測試。
二、內部審計和內部審計報告：
內部審計是對組織中各類業務和控制進行獨立評價，以確定是否遵循公認的方針和程序，是否符合規定和標準，是否有效和經濟的使用了資源，是否在實現組織目標。內部審計是壹種獨立、客觀的確認和咨詢活動，旨在增加價值和改善組織的運營。
內部審計報告，是指內部審計人員根據審計計劃對被審計單位實施審計程序後，對審計單位經營活動和內部控制出具的書面文件。
註冊會計師對企業內部控制存在的重大缺陷處理方法：
1、及時匯報
註冊會計師在審計過程中發現企業內部控制存在重大缺陷，應當及時向企業管理層和董事會匯報，並要求企業采取措施加以糾正。
2、重新評估內部控制
註冊會計師應當重新評估企業的內部控制，以確定是否存在其他重大缺陷。如果存在其他重大缺陷，應當考慮對審計報告的影響。
3、考慮對審計意見的影響
如果企業內部控制存在重大缺陷，註冊會計師應當考慮對審計意見的影響。如果這些缺陷可能導致財務報表重大錯報風險，註冊會計師應當出具非標準審計報告，以提醒財務報表使用者註意這些風險。
4、監督改進
註冊會計師應當監督企業改進內部控制，確保這些改進能夠有效地防止重大缺陷的再次出現。同時，註冊會計師也應當對改進後的內部控制進行重新評估，以確保其有效性。
5、保持職業謹慎
註冊會計師在審計過程中應當保持職業謹慎，對企業內部控制存在的重大缺陷進行充分溝通和匯報，以避免因未發現或未報告而承擔法律責任。