設置會計科目電算化是通過會計核算軟件的初始化功能實現的。初始化是所有的會計軟件在運行時都要進行的壹項必不可少的工作。在初始化的過程中，除了要輸入壹級會計科目和明細會計科目名稱及其編碼外，還要輸入會計核算所必需的期初金額及其相關資料，包括年初數、累計發生額、往來款項、工資、固定資產、存貨等項目的期初數字；計算有關指標需要的各種公式；選擇會計核算方法，包括固定資產折舊方法、存貨計價方法、成本核算方法等；定義自動轉賬憑證；輸入操作人員崗位分工情況，包括操作人員姓名、操作權限、操作密碼等。
2、填制會計憑證電算化
會計憑證包括原始憑證和記賬憑證兩類，這兩類憑證的處理方法在不同的會計軟件中也各有不同。記賬憑證是根據審核無誤的原始憑證登記的，其中壹類會計核算軟件要求財會人員手工填制好記賬憑證，然後再由操作人員輸入電子計算機；另外壹類會計核算軟件要求財會人員根據原始憑證，直接和計算機上填制記賬憑證；還有壹類會計軟件要求財會人員直接將原始憑證輸入電子計算機，由計算機根據輸入的原始憑證數據自動編制記賬憑證。相比較而言，前兩種辦法比較接近，區別只是壹個是輸入已經手工寫好的記賬憑證，另壹個是邊輸入邊做記賬憑證，其相同之處是都要把所有的記賬憑證輸入電子計算機。而最後壹種方法與前兩種有很大的差別，是由計算機來做記賬憑證。
3、登記會計賬簿電算化
完成上述步驟的會計電算化後，便可以進行會計賬簿的電算化登記。登記會計賬簿壹般可以分以下兩個步驟進行：首先是由計算機根據會計憑證自動登記賬簿，其次是將計算機生成的會計賬簿打印輸出。將計算機生成的會計賬簿打印輸出主要是考慮到有利於會計資料的保管以及進行定期審核。
4、成本費用計算電算化
成本費用計算電算化的過程是根據賬簿記錄，對經營過程中發生的采購費用、生產費用、銷售費用和管理費用進行成本費用核算，是會計核算的壹項重要任務。在會計軟件中，成本計算是由計算機根據已經存儲的上述費用，按照會計制度規定的方法自動進行的。壹般來講，會計軟件通常會提供多種成本計算方法供用戶選擇，企業可以根據自身會計核算的特點進行選擇。
5、編制會計報表電算化
在會計電算化下，編制會計報表的工作是由計算機自動進行的，壹般的會計軟件中都有壹個可由用戶自定義報表的“報表生成”功能模塊，它可以定義報表的格式和數據來源等內容，這樣無論報表如何變化，軟件都可以適應。特別要註意的是，在設計報表模板時，在會計報表之間、會計報表各項目之間，凡有對應關系的數字，均應相互壹致；在本期會計報表與上期會計報表之間，有關的數字也應相互銜接。目前，多數會計軟件都具備按照這壹規定自動進行核對的功能。