隨著行政事業單位會計制度的改革和完善，收付實現制必然將會被權責發生制所取代。
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權責發生制和收付實現制屬於會計核算確認的不同方法。
權責發生制原則要求，凡是當期已經實現的收入和已經發生或應當負擔的費用，不論款項是否收付，都應當作為當期的收入和費用；凡是不屬於當期的收入和費用，即使款項已在當期收付，也不應當作為當期的收入和費用。
收付實現制是與權責發生制相對應的壹種確認基礎，它是以收到或支付現金作為確認收入和費用的依據。目前，我國行政單位采用收付實現制，事業單位除經營業務采用權責發生制外，其他業務也采用收付實現制。
對企業會計人員來說，重點是：會計應用權責發生制，稅務應用收付實現制，兩者產生差異，對所得稅影響很大，需要註意。
概念不同：權責發生制是相對於收付實現制而言的。
權責發生制是按照收益、費用是否歸屬本期為標準來確定本期收益、費用的壹種方法。
收付實現制是按照收益、費用是否在本期實際收到或付出為標準確定本期收益、費用的壹種方法。
弊端不同：
權責發生制的優點是科學、合理、盈虧的計算比較準確，但缺點比較復雜；
收付實現制的優點是處理手續簡便，缺點是不科學，對盈虧計算不準確。