核算財政授權支付的金額，會設置另外的賬戶，例如零余額賬戶用款額度、財政補助收入等賬戶。再根據《財政授權支付到賬通知書》進行會計分錄：
借：零余額賬戶用款額度
貸：財政補助收入
在支付額度購買東西時，也根據通知書進行分錄：
借：事業支出、材料支出、經費支出等
貸：零余額賬戶用款額度
使用財政授權支付也是有壹定的範圍的，那些還沒納入財政直接支付範圍的瑣碎支出才會使用財政授權支出。
財政直接支付和財政授權支付有什麽區別？
1、在流程上，財政授權支付是零余額賬戶中的額度，而這些額度是向財政部申請；而財政直接支付是需要上報財政國庫中心的。
2、在簽發方上，財政直接支付是由國家的財政部門向代理銀行簽發指令；授權支付則是財政部門授權給預算單位的，向代理銀行簽發指令。
3、直接支付包括工資支付、購買支付、轉移支出等，財政授權則是沒有納入財政直接支付範圍內的零星支出。