實行會計集中統壹核算後，能按照“誠信為本，操守為重，堅持準則，不做假賬”的要求；從制度上保證各項財政資金安全、有效，防止收支不入賬、應繳不繳、坐支挪用等現象，保證了政府采購、“收支兩條線”制度的順利實施。但在探索會計集中統壹核算過程中，如何建立與社會主義市場經濟相適應的公***財政體系，使其日趨完善和發展，面臨不少急需值得研究和解決的問題。主要表現在：
（壹）立法建章嚴重滯後。目前，各地實行會計集中統壹核算改革的依據是二○○○年九月財政部、監察部印發的《關於試行會計委派制度工作的意見》，文件中提到“會計委派制度”，但沒有這個制度的具體內容。而在會計集中統壹核算的實踐中，都是在《會計法》等相關法規制度中“東拼西湊”，這樣勢必增加會計集中統壹核算的難度。據統計，全國實施會計集中統壹核算改革的市縣已有50%左右，陜西、海南等省覆蓋面達100%，許多地方如湖北省的沙市（荊州市）、湖南省的湘潭、我省的金華等的實踐表明，他們的改革取得了顯著的成效，顯示了旺盛的生命力。但問題是我們至今還沒有看到國家統壹對“會計集中統壹核算”立法，或者說是規章制度，致使會計集中統壹核算的地位沒有法律保障，行使會計集中統壹核算職責缺乏必要的法律手段，嚴重影響了會計集中統壹核算的成效。
（二）財務軟件不盡人意。目前，各地會計核算中心應用的軟件按照會計集中統壹核算的要求，不同程度地存在著不足之處，主要表現在：壹是預算指標管理難控制。由於軟件公司在研究開發時，立足於企業的財務管理，只局限於現金流量控制，而對於行政事業單位的預算會計來說，既要對預算指標的有效控制，又要對現金流量的合理限制；二是會計信息反饋不靈活。地方政府的領導、人大、財政等都要實時掌握各行政事業單位的預算執行情況或會計信息，現在應用的財務軟件卻只能提供上壹個月的會計信息，而即時的會計信息反饋就力不從心了。特別是“從源頭上預防和治理腐敗，規範會計基礎工作，提高會計信息質量”的工作要求下，有關領導和各職能（執法）部門及各預算單位更需要壹個反饋及時、靈敏的會計信息系統。
（三）統壹核算亟待規範。會計集中統壹核算是以統壹核算為手段、集中資金為基礎、加強財政資金收支管理為目標的壹種財政管理模式。其基本模式壹般是指在不改變單位內部理財機制、資金支配權和財務管理職能的情況下，取消單位現有的銀行賬戶，由財政部門統壹在銀行開設賬戶，集中辦理資金支付結算、統壹發放工資、集中進行會計核算、集中管理會計檔案和統壹財務公開。 因此，實行會計集中統壹核算後，雖然預算單位的財務管理、財產管理、理財機制、年度預算收支計劃的編報等都沒有改變，但是會計核算職能和資金的管理權移至會計核算中心，從而，最大程度地約束了單位的支出行為。這樣，難免會出現不協調的地方，主要表現在：壹是缺乏規範的預算管理基礎，部門預算工作尚未到位；二是缺乏可行的、統壹的經費開支標準；三是缺乏監督和制約機制。
（四）組織機構有待加強。目前，各地會計核算中心的機構名稱不規範、福利待遇不高和隸屬關系斷層是最突出的問題：壹是機構名稱不統壹。有的稱預算會計核算中心，有的叫財務核算（結算）中心或行政單位會計核算中心，也有的稱機關會計核算中心，總而言之名稱是五花八門，還有些縣（市）財政局在會計核算中心增掛壹塊核算科或結算科的牌子；二是機構設置不壹致。會計核算中心的級別不壹，有的是獨立的副科級事業單位，有的把會計核算中心作為財政局的內設科室；三是福利待遇不樂觀。會計核算中心與財政局的行財、農財、經建、社保等科（處）室同樣是財政預算的執行機構，但福利待遇卻完全不壹樣，因此，福利待遇是會計核算中心的熱點問題，若不正視、引導和解決好這個問題，必將會帶來壹些消極因素；四是隸屬關系不明確。目前，省、市、縣相繼建立了會計核算中心，但上下級會計核算中心既沒有存在隸屬關系，省、市編委在批復建立省、市會計核算中心時，又沒有賦予指導下級會計核算中心的職能。因此，各地在建立會計核算中心的過程中，都是“摸著石頭過河”。