辦公室 負責行政、文電、印鑒、會務、機要、檔案資料管理和對外交流等工作；負責黨務、紀檢監察、信訪、計劃生育、工青婦等工作；負責人力資源、人事檔案、薪酬管理、內部審計。
財務科 負責編制和執行年度經費預算、決算；負責財務核算、成本核算和固定資產核算；定期進行財務數據分析和提出財務管理建議；負責會計、出納等工作。
後勤保障科 負責安全保衛、安全生產；負責庫房管理、車輛管理、環境衛生綠化管理，基建維修、固定資產、後勤保障管理；負責辦公勞保用品、業務耗材、儀器設備、試劑、藥械等采購和管理工作；負責預防性生物制品（疫苗）采購、貯存、配送；負責應急物資采購、貯存管理。
科教與質量管理科 負責實驗室質量技術管理和檢驗質量投訴處理等工作；協助衛生行政部門開展全市疾病預防控制中心績效考核；組織全市疾病預防控制中心實驗室間比對質控；負責儀器設備、計量器具的檢定；負責繼續教育與培訓、科研項目申報與管理；負責實驗室生物安全管理。
信息與網絡管理科 負責中心計算機信息化建設工作；負責網絡和信息系統的運行維護，以及中心機房和網絡安全管理；負責疾病預防控制基本信息系統、業務應用系統和辦公自動化系統的運行維護；負責疾病預防控制相關信息統計，組織編撰年鑒；負責對外網站的管理。