自90年代以來，全國各省的鄉鎮審計機構陸續建立起來,其大多數積極開展工作,為農村經濟發展起了壹定的促進作用,縣審計部門在對鄉鎮審計機構的指導、督促、檢查、考核、評比等方面也做了大量的工作。但由於體系方面和其他方面的原因,目前我國鄉鎮審計發展還不平衡,壹些方面有待於進壹步加強,綜合起來主要有以下幾個方面:
(壹)鄉鎮審計的法律地位長期沒有解決
國家審計有國家審計法及其有關規定(如取證、報告等)作保障，註冊會計師審計有註冊會計師法及獨立審計準則和獨立審計實務公告等作保障，而農村審計目前尚無全國性條例及審計取證、審計報告、審計檔案等具體規定，鄉鎮審計的法律地位長期沒有解決。農業部作為農村工作的行政主管部門，1992年制定出臺了《農村合作經濟組織內部審計暫行規定》,2007年修訂為《農村集體經濟組織審計規定》對鄉鎮審計工作進行總體規範。根據這些規定，農村審計的主體應該是農業行政主管部門，可這為實際審計工作中農業刑偵主管部門如何兼顧管理和監督的雙重職能、如何協調與審計部門的關系帶來了壹定的困難。鄉鎮審計目前尚無全國性法規,僅有少數地方性條例。這壹方面使得審計的威信大打折扣,起不到應有的監督和懲戒作用;另壹方面審計監督面臨經費不足的問題,不能有效地開展工作。因此,必須加快對鄉鎮審計的立法,將其納入國家審計,明確其性質和地位。這樣能夠減少鄉鎮審計的阻力和強化審計結果的意義,增強鄉鎮審計的權威性,還可以使鄉鎮審計常規化、穩定化。
(二)鄉鎮審計體制未理順，獨立性不強
鄉鎮審計的體制未理順，具體表現在∶(1)鄉鎮審計機構未健全。很多市縣尚未建立鄉(鎮)農村審計站，各鄉(鎮)有關審計事項都其市農審站統壹辦理，存在“頭重腳輕”的現象，造成審計行動不便，工作不順；(2)鄉鎮審計的獨立性不強。審計三大特性之首是獨立性，客觀、公正與否取決於獨立性強弱，獨立性是審計工作的靈魂，而當前鄉鎮審計機構采取和農經機構“壹套人馬，兩塊牌子”的做法，使得目前審計人員皆為兼職，他們既要承擔農民負擔、農村承包合同、集體資產管理，又要開展農村審計工作，難免顧此失彼，審計工作常受農經工作重心的排斥。幾年來，鄉鎮審計都是在夾縫中求生存，不能獨立履行職能。
(三)審計人力資源不能有效整合，鄉鎮審計人員素質偏低
審計工作的特性決定了審計人員必須具備較豐富的審計專業知識和會計、法律等相關知識。從知識結構上看,鄉村審計人員知識水平不高、結構單壹,缺少復合性審計人員;從審計工作手段來看,絕大部分鄉村審計是傳統的手工查賬,普及計算機審計對於目前鄉村審計現狀來說,還很遙遠;從對國家有政策、法律、法規及審計知識的運用來看,不能與農村經濟活動的實際相結合,不能滿足鄉村審計的需要。因此,能夠獨立按照《審計法實施條例》要求完成審計工作任務的審計人員只是少數。當前，鄉鎮審計人員的結構和專業素質已不適應農村審計工作的要求。
(四)鄉鎮審計問責制存在問題
首先，行政體制中權責不清或者有權無責是基層政府機構存在的普遍問題，在鄉鎮中表現的尤為明顯。責任主題的不明確，責任歸屬的不明晰給鄉鎮問責制的責任界定帶來了極大地模糊性，也會成為相關責任人開脫罪責的借口。
其次，問責範圍太窄。目前農村審計問責範圍還僅僅局限於貪汙、行賄受賄和違規資金運用層面，不曾涉及瀆職、重大決策失誤、監督不力等領域。也就是說，問責面相當的窄，甚至於部分地方鄉鎮壹級的行政權力實際上處於無風險運行狀態。這就使得相當多的農村基層幹部抱著“無過便是功”的心態，嚴重影響了受托責任的執行效率。
最後，鄉鎮審計問責制多局限於行政問責。問責制是對不當行政行為或官員個人失職的鐵面無私的制度。但目前的審計問責，只註重於追究責任官員的行政責任，回避追究官員的法律責任。審計報告更像壹份政府內部調查報告，只不過以公開化的形式透露給民眾，但其處理手法依然帶有濃厚的行政色彩。被審計部門和官員所預料的最壞後果無非是行政處罰：記過、降職或撤職。其結果導致壹些行政領導者即使發生重大失職行為，都能大事化小，小事化了，而最終平安無事。
(五)鄉鎮審計環境較差
鄉鎮審計的環境較差，主要表現在：(1)鄉鎮會計的資料不全，審計範圍受到限制。據調查，鄉鎮存在賬冊設置不全、收據尚未完全統壹、會計檔案管理混亂等現象，給審計工作增加了難度。(2)鄉鎮幹部群眾對審計工作認識不夠。壹些農村幹部談到審計，就認為是審計人員故意找麻煩，抵觸情緒大，工作不配合，而有些群眾又把審計人員當成萬能的活“包公”，能解決農村經濟管理中的壹切問題，期望過高，失望也大。(3)農村審計機構的橫向聯系過少，如與公檢法等部門的配合較少，而這些部門在接觸到農村審計人員出具的審計報告時，常帶著“農村審計報告是否具有法律效力?能否作為審判的依據?”等疑問。
(六)鄉鎮審計結果落實機制不完善
鄉鎮審計結果的落實與運用是當前較為薄弱的環節。首先，鄉鎮審計結果公告制度不完善，對於審計發現的重大問題不公開或只在小範圍內公開，廣大農民群眾缺乏知情權。其次，有些地區審計部門與組織部門、紀檢司法機關沒有建立固定的聯系制度，審計結果沒有為農村幹部的任用、財經法紀建設發揮作用。最後，審計處理和處罰的範圍較窄、力度過輕，缺乏威懾力。
(七)審計層次低、審計方式落後
隨著經濟體制改革和政治體制改革的不斷深化，鄉鎮政府的職能逐步向公***財政體制轉變，從直接管理幹預經濟向間接服務、間接調控經濟轉變。鄉鎮領導和農村老百姓不再滿足於查出幾個貪汙腐敗、違紀違規案件，更加關註國有資產、財政性資金、集體資產的效益問題，對審計提出了更高的要求。目前，鄉鎮審計以監督檢查和查錯糾弊為主，多為事後性的糾查、糾正，很少參與鄉鎮的經濟決策服務。如何根據新形勢的需要和審計自身發展的要求，在審計內容上由傳統的財務收支審計向現代的經營審計、管理審計、績效審計轉變，在審計方式上由事後審計向事中、事前審計轉變，以及如何處理好監督與服務的關系等，鄉鎮審計還有很長的壹段路要走。