雖然現行的事業單位會計科目設置考慮了事業單位資金運行的壹般規律，對事業單位走向市場可能出現的對外投資、非獨立核算等作出了相關規定，但有時忽略了市場經濟體制下服務市場的事業單位資金運行的特殊規律，導致事業單位會計科目體系存在壹些空白，也會導致部門資金缺乏評價效果？不利於真實反映單位自有資金的實際使用效率。
1.2固定資產會計失真
我國會計制度中對固定資產的核算還不夠全面。取得固定資產時，只按實際成本價值入賬？增加固定資產和固定資金？但固定資產的磨損值和折舊在後續使用中不核算，因為單位實際業務成本核算中不考慮折舊費用？會使成本核算不到位，進而出現會計失真的現象。這種固定資產核算方式直接虛增了單位總資產？因此，不能真實準確地反映單位的資產核算狀況。
1.3會計報表信息不夠準確。
企業的財務報表由資產負債表、現金流量表和利潤表組成，事業單位的財務報表主要由資產負債表和收支表組成。這張資產負債表的財務平衡公式是:資產+收入=負債+費用+凈資產；財務狀況信息和業務信息結合在壹起，混淆了期間和時點的會計信息。再者，單位不編制現金流量表，無法準確反映單位的現金收支情況，不利於單位領導依據會計信息進行決策管理，也容易使外部使用者對單位的財務狀況和信息做出錯誤判斷。
1.4會計監督中的問題
隨著經濟體制改革的深化和經濟多元化的發展，會計監督職能缺乏有效保障的問題日益突出。在監督過程中，壹些關於會計監督和審計監督的模糊概念造成了會計監督的弱化。此外，內部監督制度不完善，對經濟活動事前、事中、事後控制不嚴，也導致會計監督過於形式化，甚至可以說是形同虛設。這樣，單位本身的經濟活動和會計工作就處於壹種監督不力的狀態，從而產生大量的違規違紀行為。此外，部門會計人員監管意識淡薄，法制觀念淡薄，缺乏職業風險意識，職業判斷和自控能力較弱，言聽計從。在權力大於法律的思想支配下，他們故意篡改會計信息，使得會計信息失真不可避免。