(壹)報告出具單位不同。
稅務年檢報告、匯算清繳報告，是指由國家稅務機關對企業有關財務資料進行審核後出具的檢查報告。同時稅務機關也允許當地符合年檢資質的稅務師事務所對企業進行年檢，出具年檢報告。企業在參加年檢時可以把財務資料送交當地稅務機關，也可以送往有資質的稅務師事務所。工商年檢是由當地工商管理機構對企業營業變動情況進行的年檢。其中需要出具審計報告的企業，必須到有出具審計報告資質的會計師事務所出具審計報告。審計報告是工商年檢查看的文件之壹，但並不是所有參加年檢的企業都要出具審計報告。
(二)稅務年檢和工商年檢側重點不同。
稅務年檢主要查看企業稅款繳納情況是否真實，會計賬務核算是否符合會計制度要求，有無違規操作等等。稅務年檢的範圍比較廣，花費時間比較多。工商年檢主要查看企業營業執照、公司章程、股東變動情況、資金使用情況是否發生變化和違規操作。會計師事務所在進行檢查時，重點是查看企業資金、業務往來的真實情況。查賬人員往往以企業現金、銀行存款為主，結合銀行對賬單，核對企業應收賬款、應付賬款、其他應收款、其他應付款的資金使用情況。
(三)年檢期限不同
工商年檢期限較長，每年3月1日至6月30日;稅務年檢時間，壹般在2月開始，6月底結束。